sobereva 发表于 2023-6-29 07:19
用Multiwfn给出的表面静电势最负和最正作为色彩刻度下限和上限，虽然能确保分子表面不同数值静电势的位置能 ...

谢谢社长回复。

我取上下限作为表面静电势的范围主要是希望和同一类分子的不同衍生物进行对比，它们的上下限比较接近，所以最终会用这几个衍生物都接近的上下限的整数来确定，比如 (-0.05, 0.08) 这个范围。

的确会存在由于某处静电势特别负或者特别正的情况。但是，如果不统一范围，同一类分子的衍生物会出现表面静电势颜色分布无法比较的情况，静电势表面积直方图也无法和表面静电势颜色分布对应的情况。

几个月前有篇文章的审稿人提出过类似的问题：从不同静电势区间内的表面积直方图（博文 http://sobereva.com/196 中的直方图）看，静电势负的面积比较多，但是从静电势表面的颜色看，与直方图不对应。

所以，我想还是要把上下限手动调整一下，且与计算的静电势最小值和最大值对应起来会比较好。

用Multiwfn给出的表面静电势最负和最正作为色彩刻度下限和上限，虽然能确保分子表面不同数值静电势的位置能对应不同颜色，但这往往不是什么好的选择：
(1)上下限是个零碎的小数，不够整
(2)上下限不对称（并不需要非得对称，但必须确保中间颜色正好能对应静电势零点，这需要自己调节）
(3)视觉效果未必好。比如分子某处静电势特别负，为了照顾这个位置而设置下限，可能导致静电势比较负的地方在着色上不容易区分差异

乐平 发表于 2023-6-28 20:21
我更新的帖子，现在可以确认
分子表面静电势分布的 Multiwfn 命令是 12 ——> 0 ——> 6
ESPiso 的 Mul ...

看目的呗，设置的范围比较小的时候可以看到值比较小的带正电和带负电的地方，把范围设置变大之后就只能分辨出来最正和最负的地方，其他地方就是中间的颜色

pal 发表于 2023-6-28 19:16
这是把两端值变大了，导致中间那些没那么大的值变成靠近中间的颜色

我更新的帖子，现在可以确认
分子表面静电势分布的 Multiwfn 命令是 12 ——> 0 ——> 6
ESPiso 的 Multiwfn 命令是 5 ——> 1 ——> 3 ——> 2 ——> 0 ——> 5 ——> 12 ——> 1 ——> 2
这两个操作得到的结果是一致的。

最小值和最大值范围修改后，导致颜色分布不再均匀了，蓝色大幅度变少。

这是把两端值变大了，导致中间那些没那么大的值变成靠近中间的颜色