Amber动力学后查看轨迹，发现配体二面角变化，导致RMSD值有所波动，如何控制其不动

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发布时间: 2023-6-28 16:25

本帖最后由 xiao杨同学于 2023-6-28 16:25 编辑各位老师们好，最近利用Amber22在跑一个动力学，蛋白自带一个配体A，之后对接进去一个配体B，然后对其进行动力学模拟。 &nbs ...

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student0618 发表于 Post on 2025-8-27 13:00:45

cpptraj
加载prmtop
trajin 轨迹
autoimage
rms 选骨架的组 out 骨架的rmsd
rms 选小分子 nofit out 对齐骨架后的小分子rmsd
run

Shuxian 发表于 Post on 2025-8-27 11:23:18

请问Amber中的小分子相对于蛋白质骨架的RMSD是怎么实现的？

xiao杨同学 发表于 Post on 2023-6-30 11:02:46

sobereva 发表于 2023-6-29 23:35
如果确信力场参数、模拟设置等方面都合理就不用管

嗯嗯，好的，谢谢老师啦

sobereva 发表于 Post on 2023-6-29 23:35:24

xiao杨同学发表于 2023-6-29 10:06
嗯嗯，谢谢sob老师，再冒昧问一个问题，这个是不是不用管就可以了，然后从轨迹中选取一帧合适的构象继续 ...

如果确信力场参数、模拟设置等方面都合理就不用管

xiao杨同学 发表于 Post on 2023-6-29 10:06:23

sobereva 发表于 2023-6-29 07:14
没有什么必然要解决的，旋转势垒很低的二面角在不很低的温度下模拟，而且蛋白环境与之又没有显著作用使之固 ...

嗯嗯，谢谢sob老师，再冒昧问一个问题，这个是不是不用管就可以了，然后从轨迹中选取一帧合适的构象继续做别的

sobereva 发表于 Post on 2023-6-29 07:14:29

没有什么必然要解决的，旋转势垒很低的二面角在不很低的温度下模拟，而且蛋白环境与之又没有显著作用使之固定的话，由于热运动自然二面角会发生旋转

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