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acpype生成小分子Amber力场报错

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jollydai

发布时间: 2023-6-28 16:49

正文摘要:

老师们好！我在使用acpype生成小分子Amber力场时报错，分子结构与报错信息如下，请问具体是什么原因？该如何处理才能生成Amber力场呢？谢谢！ /home/jolly/miniconda3/bin/teLeap: Error! Could not find bond ...

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jollydai 发表于 Post on 2023-6-29 08:38:52

sobereva 发表于 2023-6-28 18:28
有机小分子改用的是GAFF而非AMBER力场，看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2了解力场之间的关系
如今 ...

太好了！非常感谢！

sobereva 发表于 Post on 2023-6-28 18:28:37

有机小分子改用的是GAFF而非AMBER力场，看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2了解力场之间的关系
如今一律推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）生成拓扑文件，比acpype灵活好用得多，没那么多破毛病，还不需要装ambertools、不需要非得linux环境

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