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结构优化结果不合理问题

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白小施

发布时间: 2023-6-30 18:04

正文摘要:

各位老师，请教：本人用的chemdraw画了结构图，复制入chem3D，进行MM2优化然后导出mol2文件。导入gaussview，用b3lyp/6-31+g（d，p）进行结构优化和频率计算。但是优化后的构型不合理，碳氮键应该是单键。附上初始图 ...

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白小施 发表于 Post on 2023-7-3 12:23:31

北大-陶豫发表于 2023-7-3 11:04
C-N 键加强是以削弱 C=O 键为代价的

我再学学有机结构方面，我优化的几种带有C-N键的有机物都发生了这种情况。

北大-陶豫 发表于 Post on 2023-7-3 11:04:59

白小施发表于 2023-7-3 10:48
但是如果这里面他是碳氮双键的话，碳上面就有五个键了诶，这不合理吧？

C-N 键加强是以削弱 C=O 键为代价的

白小施 发表于 Post on 2023-7-3 10:48:38

shenzp 发表于 2023-7-2 09:50
从有机化学的角度看酰胺的碳氮键也确实有一定双键成分吧，氮的共轭效应还是挺强的，碳氮键键长短于一般碳氮 ...

但是如果这里面他是碳氮双键的话，碳上面就有五个键了诶，这不合理吧？

shenzp 发表于 Post on 2023-7-2 09:50:12

从有机化学的角度看酰胺的碳氮键也确实有一定双键成分吧，氮的共轭效应还是挺强的，碳氮键键长短于一般碳氮键（如脂肪胺中碳氮键）也是很正常的

白小施 发表于 Post on 2023-7-2 08:29:34

乐平发表于 2023-6-30 19:31
不要被图形界面“显示的”单键，双键，三键给迷惑了。这些只是“显示”而已，不是真实的化学键。

好的，感谢！

白小施 发表于 Post on 2023-7-2 08:28:41

kimariyb 发表于 2023-7-1 01:37
gview 显示的东西和实际上成键与否没有半毛钱关系，显示成不成键也不影响量子化学计算，这是强调过很多次的 ...

好的，感谢。

kimariyb 发表于 Post on 2023-7-1 01:37:19

gview 显示的东西和实际上成键与否没有半毛钱关系，显示成不成键也不影响量子化学计算，这是强调过很多次的，你就算把这些键全删了，照样也能算，别拿用 chemdraw 画有机结构式的思维代入量化计算里。详细看 sob 老师《谈谈原子间是否成键的判断问题》（http://sobereva.com/414）一文。除此之外，根本没必要用 chem3d 自带的优化功能，那功能纯粹是骗小孩的。

乐平 发表于 Post on 2023-6-30 19:31:39

不要被图形界面“显示的”单键，双键，三键给迷惑了。这些只是“显示”而已，不是真实的化学键。

白小施 发表于 Post on 2023-6-30 18:14:41

wzkchem5 发表于 2023-6-30 18:05
仔细阅读http://sobereva.com/414

谢谢，会仔细阅读的

wzkchem5 发表于 Post on 2023-6-30 18:05:53

仔细阅读http://sobereva.com/414

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