求助：蛋白双配体复合物在正己烷-水两相中的MD

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发布时间: 2023-7-2 10:57

各位老师好！我最近在做蛋白双配体复合物在正己烷-水两相中的MD，根据实验所用的溶剂（2%水合的正己烷）计算了相应的正己烷和水的分子数，用packmol构建了盒子并把蛋白-配体复合物放在了盒子的中心，想请教一下可以 ...

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youzi96 发表于 Post on 2023-7-2 13:24:38

好的老师，我是不是得把tolerence2.0增大呀？调整到多少合适呢？第一次做有点懵

sobereva 发表于 Post on 2023-7-2 11:12:15

结构离谱，用VMD看一眼便知，原子间距离太近了

模型和力场是两码事

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