edr能量分析时设3个能量组和2个能量组的结果为什么不同

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发布时间: 2023-7-4 11:31

本帖最后由 killua1 于 2023-7-4 11:31 编辑老师好，问题背景如下：1.体系中包含4种物质，分别为蛋白Protein，水溶剂SOL，抗衡离子NA，均匀分散在水中的另一种小分子物质PU72.通过coulombtype = cut-off的方式计 ...

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killua1 发表于 Post on 2023-7-6 08:37:07

sobereva 发表于 2023-7-5 05:27
没有任何必要产生只包含复合物的tpr和轨迹
直接在原本mdp上设置好能量组、产生整体的tpr、rerun原本整体的 ...

好的，非常感谢sob老师！

Arkin 发表于 Post on 2023-7-5 16:37:50

1.为什么设置energy_grps = Protein SOL PU7三个能量组时，Protein与SOL，Protein与PU7，SOL与PU7的LJ-SR：Protein-SOL和Coul-SR：Protein-SOL均有结果，而设置两个能量组时却是0？

你可以用

复制代码

看一下能量文件里是不是正确的包含了计算所选的组。
同样的，在

复制代码

之前，你可以用

gmx dump -s prolig.tpr > prolig-tpr.txt

，搜 "grpname" 看看是不是正确的建立了对应的计算组。

2.下图中 “rest”指的是什么

"rest" 是 "restraint"，如果你是用

gmx pdb2gmx

生成的拓扑文件，并且把 [position_restraints] 包含进去了，就会有这个特殊的组。

sobereva 发表于 Post on 2023-7-5 05:27:13

没有任何必要产生只包含复合物的tpr和轨迹
直接在原本mdp上设置好能量组、产生整体的tpr、rerun原本整体的轨迹就完了

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