sobereva 发表于 2023-7-8 09:26
跟mdp没关系

确保tpr与trr是对应的，而且确保当前的gmx trjconv是你做mdrun对应的GROMACS那个版本里的 ...

好的  十分感谢社长的回复

1121571266 发表于 2023-7-7 16:07
社长，我捣鼓了几下发现如果不加-pbc选项可以正常工作，但是轨迹依然会出现很多跨越整个格子的键，问题会 ...

跟mdp没关系

确保tpr与trr是对应的，而且确保当前的gmx trjconv是你做mdrun对应的GROMACS那个版本里的

实在不行就用VMD的pbc unwrap命令来实现轨迹去周期性

sobereva 发表于 2023-7-6 09:30
没问题
该说的前面都说了，没什么可补充的

社长，我捣鼓了几下发现如果不加-pbc选项可以正常工作，但是轨迹依然会出现很多跨越整个格子的键，问题会不是是处在-pbc选项这里还是哪里呢？
下面是我运行MD时用的mdp文件：
integrator = md
nsteps = 100000
nstxout = 100
nstvout = 100
nstfout = 100
nstlog = 100
nstcalcenergy = 100
nstenergy = 100
nstlist = 10
pbc = xyz
periodic-molecules = yes
verlet-buffer-tolerance = 0.005
vdwtype = cutoff
vdw-modifier = Potential-shift
rvdw = 1
coulombtype = Cut-off
rcoulomb = 1
fourierspacing = 0.12
gen-vel = yes                              
gen-temp = 400

1121571266 发表于 2023-7-5 22:13
社长，按照您说的还是不行，我说明一下就是我这个trr文件是MD模拟输出的轨迹，run.tpr是MD模拟使用的那 ...

没问题
该说的前面都说了，没什么可补充的

sobereva 发表于 2023-7-5 05:02
确保轨迹文件正常，能正常载入VMD看到轨迹动画
如果确保给trjconv的文件都没问题、路径都写对了，用常规的 ...

社长，按照您说的还是不行，我说明一下就是我这个trr文件是MD模拟输出的轨迹，run.tpr是MD模拟使用的那个tpr文件，这应该是没有问题的吧？这个问题卡主我很久了。                 
                     :-) GROMACS - gmx trjconv, 2022.2 (-:

Executable:   /public1/home/sch0015/software-sch0015/gromacs-2022.2/install/bin/gmx
Data prefix:  /public1/home/sch0015/software-sch0015/gromacs-2022.2/install
Working dir:  /public1/home/sch0015/software-sch0015/gmx-test
Command line:
  gmx trjconv -f trat.trr -s run.tpr -o pbc.xtc -pbc mol

Will write xtc: Compressed trajectory (portable xdr format): xtc
Reading file run.tpr, VERSION 2022.2 (single precision)
Reading file run.tpr, VERSION 2022.2 (single precision)
Group     0 (         System) has  4328 elements
Group     1 (          Other) has  4328 elements
Group     2 (            MOL) has  4328 elements
Select a group:
-------------------------------------------------------
Program:     gmx trjconv, version 2022.2
Source file: src/gromacs/topology/index.cpp (line 866)

Fatal error:
Cannot read from input

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
Note that major changes are planned in future for trjconv, to improve usability and utility.
Select group for output

感谢社长回复，我这就试试。

确保轨迹文件正常，能正常载入VMD看到轨迹动画
如果确保给trjconv的文件都没问题、路径都写对了，用常规的gromacs，即基于gcc编译一个非MPI版再试