gehan 发表于 2023-7-5 10:36
非常感谢老师的回答。1、对于第一个问题，我取得第0帧和第5000步的结构（我步长选的是1fs）,导入到VMD中 ...

1 没什么可解释的。既然轨迹都跑出来了，干嘛只取一帧？跑MD还有什么意义？
统计间隔如果取得特别小，竖线就会显得特别细

2 rdf体现的是原子间距离，而不是某个原子的位置
搞清楚rdf的计算公式自然就明白了

1 考虑所有帧取平均才能体现动力学采样的效果。只拿一帧算rdf根本没意义，rdf曲线都是离散的竖线

2 拿这个判断并不直观，只能根据被研究的体系的结构、相互作用特征进行间接的推测

3 宽窄体现原子间出现在相应峰位置的确定性。诸如对固体算rdf，峰总是非常窄，哪怕峰对应的相互作用方式其实强度很弱。这跟作用强弱没必然关系。