sobereva 发表于 2023-7-6 10:11 sob老师你好,我检查了我的盒子在用packmol建模时参数错了导致结构不当,之后又用同样的方法对CO2单相体系进行了模拟,并提取了不同压力下的密度,但随着压力的增大密度越来越偏离实际密度,调整了一些参数仍不理想,是我采用方法的问题还是相关参数设置不当呢? |
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把em.gro在VMD里显示出盒子,就能明显看出盒子边框根本都不贴着水层边缘,根本就没有实现你说的Lx=Ly=6nm 至于CO2抱团问题,先用NVT跑纯CO2,确保行为正常,没问题再跑混合体系 |
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