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求助:计算Cr2O3吸附有机物分子时,分子发生严重变形

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发布时间: 2023-7-6 10:54

正文摘要:

请教各位老师,本人在使用cp2k计算Cr2O3(001)面吸附有机物分子时,结构优化过程中,有机分子已经发生了严重的变形,想请问是否是参数设定有问题,附上inp和out文件,请老师们指教。

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2023-7-8 09:33:05
时光的邂逅 发表于 2023-7-7 19:25
谢谢老师的回答
1.smearing那个当时设定300K的时候,一直不收敛,所以就增加了smearing
2.,一般使用PS ...

1 盲目增加温度根本不是正确做法,乱用过高的温度会明显恶化结果
该怎么合理解决看
解决CP2K中SCF不收敛的方法
http://sobereva.com/665http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html

2 电子密度有明显分布跨度的至少两倍。你用Multiwfn直接产生二维周期性的输入文件,自动就给你设合适,根本不需要自己设
时光的邂逅 发表于 Post on 2023-7-7 19:25:05
sobereva 发表于 2023-7-7 10:43
smearing用那么高温度完全莫名其妙

用PSOLVER MT时,当前盒子Z方向尺寸明显不够大

谢谢老师的回答
1.smearing那个当时设定300K的时候,一直不收敛,所以就增加了smearing
2.,一般使用PSOLVER MT时,Z方向尺寸多少合适呢
3.这个情况没考虑,可能还得加大盒子的尺寸
时光的邂逅 发表于 Post on 2023-7-7 19:21:13
wzkchem5 发表于 2023-7-6 22:49
所以我说了,把最外面的原子的种类搞对还不够,晶面也得对,表面吸附物种也得对,如果实际体系不是clean  ...

谢谢老师,我试试哈
sobereva 发表于 Post on 2023-7-7 10:43:26
smearing用那么高温度完全莫名其妙

用PSOLVER MT时,当前盒子Z方向尺寸明显不够大

如果你要研究低覆盖度的情况,slab的尺寸明显太小,被吸附分子与其镜像的相互作用都很显著
wzkchem5 发表于 Post on 2023-7-6 22:49:22
时光的邂逅 发表于 2023-7-6 14:23
老师,我也算过O面在最外层的,有机分子也变形了

所以我说了,把最外面的原子的种类搞对还不够,晶面也得对,表面吸附物种也得对,如果实际体系不是clean surface,你当clean surface算,就会发现这个表面的化学性质极其活泼,随便放一个分子上去都给你撕裂得不成样子
时光的邂逅 发表于 Post on 2023-7-6 21:23:16
wzkchem5 发表于 2023-7-6 17:24
显然不可能是Cr在外面,Cr的配位数比O多,因此Cr比O更不可能暴露在外面。我估计这个是导致分子变形的主要 ...

老师,我也算过O面在最外层的,有机分子也变形了
wzkchem5 发表于 Post on 2023-7-6 17:24:43
pal 发表于 2023-7-6 10:18
稍微拉远一点,而且这个有机分子看起来有很多可能的吸附构型,另外Cr2O3的表面是Cr在外面,还是氧在外面 ...

显然不可能是Cr在外面,Cr的配位数比O多,因此Cr比O更不可能暴露在外面。我估计这个是导致分子变形的主要原因,建议查清楚Cr2O3的表面长什么样,哪个晶面最稳定,再算,搞不好表面一般不是clean surface而是一层羟基都有可能
pal 发表于 Post on 2023-7-6 17:18:51
时光的邂逅 发表于 2023-7-6 16:59
1.这个距离大概多近合适呢
2.有机分子已经优化过了

稍微拉远一点,而且这个有机分子看起来有很多可能的吸附构型,另外Cr2O3的表面是Cr在外面,还是氧在外面,又或是氧在外面氢化了呢
时光的邂逅 发表于 Post on 2023-7-6 16:59:31
pal 发表于 2023-7-6 14:51
那是不是分子离表面太近,分子O和Cr的距离和Cr跟slab的O的距离差不多,还有就是有机分子是优化过的么

1.这个距离大概多近合适呢
2.有机分子已经优化过了
pal 发表于 Post on 2023-7-6 14:51:15
时光的邂逅 发表于 2023-7-6 13:59
谢谢回答,因为我这个体系是slab表面,所以使用的是XY周期性,不知道会不会用影响呢

那是不是分子离表面太近,分子O和Cr的距离和Cr跟slab的O的距离差不多,还有就是有机分子是优化过的么
时光的邂逅 发表于 Post on 2023-7-6 13:59:20
pal 发表于 2023-7-6 11:16
盲猜没用周期性结构

谢谢回答,因为我这个体系是slab表面,所以使用的是XY周期性,不知道会不会用影响呢
pal 发表于 Post on 2023-7-6 11:16:34
盲猜没用周期性结构

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