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求助：gromacs报错Invalid order for directive atomtypes

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打豆豆的灰鸭

发布时间: 2023-7-8 11:06

正文摘要:

老师，我想写一个锂原子的itp文件，电荷为0，但是gromacs报错Invalid order for directive atomtype，我在其他网站看到解决方法，但是问题也没解决。（其中peo.itp和tfsi.itp中都没有[ atomtypes ]部分，都是可以 ...

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打豆豆的灰鸭 发表于 Post on 2023-7-10 09:10:49

sobereva 发表于 2023-7-8 11:23
你连forcefield.itp都没include

老师，问题已解决

Arkin 发表于 Post on 2023-7-8 17:33:23

一个标准的 top 文件的 directive order 是：

; be in first
[defaults] ; combination rule, must

; be in second, can be multiple, following orders does not matter
[atomtypes] ; must
[bondtypes] ; optional
[angletypes] ; optional
[dihedraltypes] ; optional
[constrainttypes] ; optional
; be in third place, must be in order, can be multiple
[moleculetype] ; must
[atoms] ; must
[bonds] ; optional
[angles] ; optional
[dihedrals] ; optional
;; types constraints
;; types exclusions

; be in fourth
[system] ; must
[molecules] ; must

你按着这个顺序整理，比如你用了类似C定义的 "#include"， top 文件，就能知道哪里出问题了。

sobereva 发表于 Post on 2023-7-8 11:23:14

你连forcefield.itp都没include

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