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Shermo 2.4发布,支持了将谐振近似与自由转子间的插值也用于计算低频模式对内能的贡献

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发布时间: 2023-7-8 15:21

正文摘要:

已经挺流行的计算热力学数据的程序Shermo(http://sobereva.com/soft/shermo)的2.4版发布!支持了将谐振近似和自由转子间的插值方法也用于计算振动对内能的贡献。 Shermo支持的Grimme的QRRHO模型很多人都已经很 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-2-8 06:03:01
Kamistry 发表于 2024-2-7 19:11
卢老师,我发现在使用ilowfreq=3时,改变ZPE校正因子对结果仍有影响,那么这里第二个问题的回答是不是仍 ...

因为ilowfreq=3是对谐振模型算的结果和自由转子算的结果进行插值得到的,ZPE校正因子会影响前者,因此会影响总结果。此时没必要设ZPE校正因子(即保持默认的1)
Kamistry 发表于 Post on 2024-2-7 19:11:20
sobereva 发表于 2024-1-19 01:15
TCU、TCH、TCG指代不明。其它是


卢老师,我发现在使用ilowfreq=3时,改变ZPE校正因子对结果仍有影响,那么这里第二个问题的回答是不是仍应该查对应的校正因子并设置呢?
sobereva 发表于 Post on 2024-1-19 01:15:43
Kamistry 发表于 2024-1-18 09:53
请问老师,在使用ilowfreq=3的情况下,
1) ZPE无法单独得到,那么SI中不列出ZPE而只需要列出单点能、TCU、 ...

TCU、TCH、TCG指代不明。其它是



Kamistry 发表于 Post on 2024-1-18 09:53:49
请问老师,在使用ilowfreq=3的情况下,
1) ZPE无法单独得到,那么SI中不列出ZPE而只需要列出单点能、TCU、TCH、TCG、H、G、imainary frequency吗?
2) 还需要设置ZPE的校正吗?
3) 除了引用Shermo原文外,是否应该描述使用了"ilowfreq=3"选项,并引用J. Comput. Chem., 44, 1807–1816 (2023)呢?
sobereva 发表于 Post on 2024-1-16 04:12:35
今日更新了Shermo 2.4.2,修正了实现Minenkov模型时的一个bug(free rotor贡献少了个1/2因子)。请使用Minenkov模型做计算的用户务必更新
sobereva 发表于 Post on 2023-7-10 07:31:02
dantevinsky 发表于 2023-7-9 21:34
。。。。笑死,Truhlar在自由能矫正领域做了那么多工作。这个设置上限的方法是过去or面对大量结构采样时才 ...

那个做法本来idea就不好,是显而易见的artificial,不是时代因素(计算资源或热力学理论上的发展)的制约而迫不得已的必然选择。这和他的其它计算热力学方面的贡献和他搞的更严格但也明显更复杂更耗时的模型如一维受阻转子、MS-LH、MS-T等没直接关系。
要是Grimme的做法更早被提出来(或者说Grimme更早一些把研究兴趣放在自由能计算问题上),我相信Truhlar就不会再主张那种人为一刀切改频率的做法了。然而由于一刀切改频率的做法在以往的文章中大量出现,目前还有人在这么做,而且还有很多人没意识到已经有了更好的黑箱方法,所以还是需要在该提及的时候提及,直到鲜有人用为止。
dantevinsky 发表于 Post on 2023-7-9 21:34:17
。。。。笑死,Truhlar在自由能矫正领域做了那么多工作。这个设置上限的方法是过去or面对大量结构采样时才不得已才用的。结果被社长抓着猛批,每次shermo更新批评一次。

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