你在Multiwfn里用三个原子定义一个平面不就行了，没必要非得对某个笛卡尔平面作图。看下文4.2节里的相关信息
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452


另外，Multiwfn也直接提供了功能使得某个分子平面平行于笛卡尔平面，下文说了
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）
注意旋转完了之后做计算时要加上nosymm免得被自动调整到标准朝向，下文说了
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html）

你是没写nosymm关键词么？