求助：关于肽钙螯合物体系构筑的问题

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Ajl

发布时间: 2023-7-11 18:19

请问一下关于肽钙螯合物的结合过程的模拟。体系这样构筑可以吗，盒子大小为： 3.22640 3.22640 3.22640（nm）蓝色为一个六肽绿色为钙离子其他的为水分子

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Ajl 发表于 Post on 2023-7-13 15:34:04

sobereva 发表于 2023-7-12 09:36
一个角度不很好判断。如果你能确保肽的边界原子和盒子在各方向距离都不小于1nm就可以。如果净电荷不为零， ...

我在构筑盒子的时候加上了 -d 1.0 然后加了氯离子平衡了电荷

sobereva 发表于 Post on 2023-7-12 09:36:07

一个角度不很好判断。如果你能确保肽的边界原子和盒子在各方向距离都不小于1nm就可以。如果净电荷不为零，记得带上抗衡离子

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