POPC磷脂膜能量最小化不收敛，这种情况是为什么呢？

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发布时间: 2023-7-11 19:46

老师您好我在做能量最小化时候minim.mdp的模板是这样的，但是能量最小化不收敛。请问一下老师这种情况是为什么呢？之前还是收敛的，如果要修改的话是修改emtol值还是什么呢？（刚刚接触gromacs，所以一 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-7-12 09:43:23

mdp没明显问题。

首先确保拓扑文件完全合理。然后可以尝试用较小步长直接跑MD，如果能跑起来就不用管当前问题。跑一段时间后再换成一般步长续跑。

非要em做得更充分，也可以尝试减小emstep、用双精度版gmx

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