RMSD多少以下算达到平衡

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发布时间: 2023-7-17 11:23

各位老师，想请问以下RMSD多少以下可以算是达到平衡？同时想请大家看一下我这个蛋白和小分子配体是否达到了平衡：体系为100ns，Amber力场，蛋白：450aa。

回复 Reply

八月的雨季 发表于 Post on 2023-7-18 10:46:27

Sob都说了是RMSD的收敛情况，还在问大小。。。RMSD的绝对值大小没有什么意义，只能衡量与参考结构之间的差异而已。

sobereva 发表于 Post on 2023-7-17 12:55:00

s2023 发表于 2023-7-17 11:34
谢谢sob大大，那RMSD在多少以下算是平衡呢，我看有的说1.5A,有的在2A,我的这个已经超过了2A，是不是不稳 ...

好好看我的回复

s2023 发表于 Post on 2023-7-17 11:34:01

sobereva 发表于 2023-7-17 11:27
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-271 ...

谢谢sob大大，那RMSD在多少以下算是平衡呢，我看有的说1.5A,有的在2A,我的这个已经超过了2A，是不是不稳定啊

sobereva 发表于 Post on 2023-7-17 11:27:40

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

看的是RMSD的收敛情况，而不是绝对的大小

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