1 至少扩成2*2*2超胞。盒子太小自相互作用太严重

2 优化不是必须的

高压区和低压区不是设置的，而是模型体现的。气态分子起初分布多的地方就是高压区

加不加水完全看你模拟什么条件下的。诸如文献里的图肯定是没加水的

写个小程序，产生wall上每个He原子的坐标，用gmx insert-molecules结合He的pdb文件就可以构成一个He wall，参考以下ppt。直接用gromacs自己的wall功能也可以。