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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 使用粗粒化珠簧模型对均聚物进行模拟，但体系在平衡处理 ...

使用粗粒化珠簧模型对均聚物进行模拟，但体系在平衡处理后存在大量粒子重叠不报错

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发布时间: 2023-7-18 22:07

正文摘要:

本帖最后由 jrfjrf123 于 2023-7-18 22:15 编辑想请教论坛的大家，我目前在做一个单分散的，50条链，每条链N=200个珠子的珠簧模型（Bead-spring model）体系的验证实验力场采用的lammps lj/expand 力场 ...

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jrfjrf123 发表于 Post on 2023-7-27 11:11:34

问题已经解决了，确实是1-3原子的lj势能没有计算，

由于special_bond 的默认设置是special_bond lj 0 0 0 ，存在键角拓扑的情况下默认不计算lj势能

将其设置为special_bond lj 0 1 1 就行了

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