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CP2K安装到libxc-6.0.0时系统报错

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发布时间: 2023-7-20 02:16

正文摘要:

各位老师,我按照CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)博文在自己的计算机上在 VMware 16 里的 Rocky Linux 9安装CP2K2023.1版本,遇到了难 ...

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wangwangwang 发表于 Post on 2023-7-28 19:04:16
本帖最后由 wangwangwang 于 2023-7-28 19:18 编辑

////
doublezhang 发表于 Post on 2023-7-22 20:52:35
本帖最后由 doublezhang 于 2023-7-22 20:54 编辑

三个不同的解决方案
1. 用你的包管理器安装一个patch
2. git clone 最新的CP2K,最新版是用6.2.2的,不需要打patch(推荐)
3. 在安装脚本里把patch那句注销掉
snljty2 发表于 Post on 2023-7-20 16:29:25
本帖最后由 snljty2 于 2023-7-20 16:32 编辑
牧生 发表于 2023-7-20 15:55
屏蔽驱动,也就是几行命令的事,花一分钟就行了。尤其是rockylinux9以后,屏蔽了自带显卡驱动以后,重启 ...

这样么,当年我弄CentOS 7的时候是贼麻烦,得改一大堆文件...还得init 3,init 5弄好几次。我是真不推荐都装上,哪怕是我们这种内网服务器,我都是下载完整的dvd镜像然后传到服务器上做成离线源用的,然后缺啥装啥。
我当时做的笔记是这样的
除了
/etc/modprobe.d/nvidia-installer-disable-nouveau.conf

/lib/modprobe.d/nvidia-installer-disable-nouveau.conf
以外,
/usr/lib/modprobe.d/nvidia-installer-disable-nouveau.conf
最好也加上这两行:
[color=var(--text_link)][url=]blacklist[/url] nouveau
options nouveau modeset=0

接下来/etc/default/grub的
GRUB_CMDLINE_LINUX
添加
rd.driver.blacklist=nouveau nouveau.modeset=0
然后执行
sudo grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg


/etc/modprobe.d/blacklist.conf
添加
blacklist nouveau
mv /boot/initramfs-$(uname -r).img /boot/initramfs-$(uname -r).img.bak
dracut /boot/initramfs-$(uname -r).img $(uname -r)
然后再重启,Ctrl+Alt+F2,进root,
init 3
sh NVIDIA*.run --no-opengl-files
这里这个--no-opengl-files参数非常关键,尤其是装CentOS时候选了gnome,gnome的opengl和NVidia的会有冲突,且gnome用不了NVidia的opengl。所以要在装的时候选择不装opengl。网上有一个CentOS用ElRepo源直接yum装NVidia显卡驱动的教程,https://www.cnblogs.com/YSPXIZHEN/p/11466145.html,极为简单,就是可惜无法选择不替换opengl,会导致和gnome冲突,重启后系统无法启动。所以只好用这个自行安装的麻烦的办法。
之后X config那里和教程一样选no,重启,init 5即可。nvidia-smi命令没报错就是装好了。
牧生 发表于 Post on 2023-7-20 15:55:51
snljty2 发表于 2023-7-20 15:48
会增加很多麻烦,比如装了一些图形库之后自己装N卡驱动还得屏蔽原来的驱动,比如装了container那啥以后用 ...

屏蔽驱动,也就是几行命令的事,花一分钟就行了。尤其是rockylinux9以后,屏蔽了自带显卡驱动以后,重启还是仍然有图形界面的,图标变得很大,分辨率很低。在这种图形界面下,可以直接安装驱动和cuda的。对于新手就方便多的多了
snljty2 发表于 Post on 2023-7-20 15:48:40
牧生 发表于 2023-7-20 11:19
我都是无脑直接选了所有可选的。

会增加很多麻烦,比如装了一些图形库之后自己装N卡驱动还得屏蔽原来的驱动,比如装了container那啥以后用dnf装docker会出问题。
牧生 发表于 Post on 2023-7-20 11:19:09
snljty2 发表于 2023-7-20 10:27
报错信息写的很清楚了,。看起来你安装Rocky的时候并没有按照上面提到的卢老师博文的2.1节里面建议装系统的 ...

我都是无脑直接选了所有可选的。

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snljty2 发表于 Post on 2023-7-20 10:27:20
本帖最后由 snljty2 于 2023-7-20 10:31 编辑

报错信息写的很清楚了,
  1. sudo dnf install patch
复制代码
。看起来你安装Rocky的时候并没有按照上面提到的卢老师博文的2.1节里面建议装系统的时候选择装哪些工具的建议安装。
乐平 发表于 Post on 2023-7-20 09:32:28
本帖最后由 乐平 于 2023-7-20 09:35 编辑

你不用上传这些……

你只需要把你输入的命令,也就是
  1. ./install_cp2k_toolchain.sh
复制代码

这一行命令写出来

顺便问一下,你的 gcc 版本是多少? 查看的命令是
  1. gcc -v
复制代码
Intel MKL 是否调用了?查看的命令是
  1. echo $MKLROOT
复制代码




另外,sob/ 这个目录不是必须的……

最后,不建议用中文系统……

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