刘桂林 发表于 2023-12-4 16:08
我不知道有没有现成的命令，我是动态统计原子数量，然后计算。

把吸附的原子单独隔出来，variable oxygen atom type==label2type(atom,OW)
group oxygen dynamic all var oxygen
variable nO equal count(oxygen)
然后输出nO就是吸附量

刘桂林 发表于 2023-12-4 16:08
我不知道有没有现成的命令，我是动态统计原子数量，然后计算。

是的，但是我的跑完压力统计没什么变化，不知道怎么算P/P0

Dingjg 发表于 2023-12-1 15:20
你好，请问怎么能输出吸附的吸附量呢，输出的具体的命令是哪一个呢？

我不知道有没有现成的命令，我是动态统计原子数量，然后计算。

你好，请问怎么能输出吸附的吸附量呢，输出的具体的命令是哪一个呢？

Graphite 发表于 2023-7-31 18:00
压力的符号只取决于体系和壁的作用力方向，当然可以是正值和负值。正值就是向外的方向，相当于盒子里的粒 ...

哦，那我明白了，谢谢老师。

刘桂林 发表于 2023-7-27 15:18
感谢大佬解释，就是说gcmc设定好之后，进行分子交换的压力或者化学势就是我们的设定值条件下的，对吧？ ...

压力的符号只取决于体系和壁的作用力方向，当然可以是正值和负值。正值就是向外的方向，相当于盒子里的粒子冲击壁，这样在NPT系综下体系就要扩张；反之就要收缩。
thermo压力别太在意，如果体系小，外压1bar，thermo波动几百几千bar都正常。只要体系不崩、体积/密度如预想就行了。

Graphite 发表于 2023-7-21 01:05
没有什么关系。
gcmc说白了就是有个外界体系，不断尝试和你的体系交换分子。
这个外界体系本身增减1 mol ...

感谢大佬解释，就是说gcmc设定好之后，进行分子交换的压力或者化学势就是我们的设定值条件下的，对吧？但thermo输出的压力为负数，怎么理解啊？（抱歉，前两天论坛对新人禁言了）

感谢大佬解释，就是说gcmc设定好之后，进行分子交换的压力或者化学势就是我们的设定值条件下的，对吧？但thermo输出的压力为负数，怎么理解啊？（抱歉，前两天论坛对新人禁言了）

没有什么关系。
gcmc说白了就是有个外界体系，不断尝试和你的体系交换分子。
这个外界体系本身增减1 mol分子的能量就是它的化学势，你的体系增减1 mol分子的能量就是相互作用能。
如果按某种方式增减分子，相互作用能和化学势在能量和概率上算下来ok，就接受这种变化。然后这样反复尝试，直到两个体系平衡。
gcmc用mu这个关键词设定外界体系的化学势，对于理想气体如果你不会算，可以用pressure关键词覆盖前面那个mu。这样理解成“和 1 bar的XX蒸汽共平衡”比较直观、人话。

thermo输出的压力说白了就是体系分子打到壁上的力求和。跟gcmc的化学势没任何关系。