老师您好，请问reax_species.py是否有下载渠道呢

Graphite 发表于 2025-5-23 04:21
直接用reax_tools或者reacnetgenerator读轨迹分析得了，说实话基于LAMMPS键级和cutoff，有时候反而结果相 ...

谢谢老师回复

love_yy 发表于 2025-5-22 21:41
各位老师好，能否请教以下对于参照上述帖子已经获得的lammps.trj轨迹如果rerun调整bond_order cutoffs来重 ...

直接用reax_tools或者reacnetgenerator读轨迹分析得了，说实话基于LAMMPS键级和cutoff，有时候反而结果相当的紊乱

reax_tools用vdw缩放因子调意外地又LOW又好用

各位老师好，能否请教以下对于参照上述帖子已经获得的lammps.trj轨迹如果rerun调整bond_order cutoffs来重新得到species，在rerun处应该怎么写呢，我根据官网和上述模板在去掉能量最小化和初始速度后对run部分作出了如下修改，一直报错“ERROR: Read_dump must use at least either 'id' or 'type' field (../read_dump.cpp:1175)“，请问正确的方法是什么？
（1）直接将run部分修改为“rerun ${basename}.lammpstrj dump every 1 id type xs ys zs”
（2）将trj文件转化为xyz，将run部分修改为：“rerun ${basename}.xyz dump every 1  x y z” ；
谢谢！

Graphite 发表于 2025-5-12 12:50
1.可能是文件保存或者同步问题，这里识别成0.0了
2.看fix temp/rescale的手册，window=10.0其实没意义， ...

谢谢 老师

yjb 发表于 2025-5-9 21:51
运用老师的输入文件，报错
ERROR: Computed temperature for fix temp/rescale cannot be 0.0 (src/fix_te ...

1.可能是文件保存或者同步问题，这里识别成0.0了
2.看fix temp/rescale的手册，window=10.0其实没意义，而且前面也说了temp/rescale不一定适合所有体系，体系不特殊的话正常的nose-hoover或者csvr恒温器就可以。

运用老师的输入文件，报错
ERROR: Computed temperature for fix temp/rescale cannot be 0.0 (src/fix_temp_rescale.cpp:136)
输入文件如下：
fix ensemble         all nve
fix vrescale        all temp/rescale 10 600.0 600.0 10.0 1.0
velocity        all create 600.0 114514
明明设置了温度为600不知道为什么还是报错。

老师好，请问为什么我跑完后rerun dump file的时候fix reaxff/species 输出的是单个原子呢？像这样：
#  Timestep    No_Moles    No_Specs           O           C           O           C           H           C           O           H
       1000        5550           8         500         500         500        1500        2020         510          10          10

我试过更改cutoff结果不变。

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已解决！我的fix reaxff/species 刚开始Nevery Nrepeat Nfreq设置的是 10 10 1000， 改成 1 1 1000 就好了。

Gonglinquan 发表于 2025-4-11 22:31
您好，我最近在使用您开发的reaxff_species.py代码进行物种数据的清洗，这个代码在一个较小的species.out文 ...

0.3版本已经不再维护，请用最新版本

您好，我最近在使用您开发的reaxff_species.py代码进行物种数据的清洗，这个代码在一个较小的species.out文件，1M左右，能够正常得到输出结果，但在另一个较大的文件，有10M左右，却只能将所有原子视为一个分子，无法进行详细识别，请问这可能是什么原因造成的呢？

菲比的洪均 发表于 2025-3-13 11:33
老师您好，最近在使用LAMMPS的时候遇到了一个问题，就是在计算一个只包含CHN三种元素的体系在高温下的分解 ...

弛豫阶段别加高温，或者初始建模就不合理。

老师您好，最近在使用LAMMPS的时候遇到了一个问题，就是在计算一个只包含CHN三种元素的体系在高温下的分解路径时，在弛豫阶段体系就会发生分解，请问您有什么解决办法来防止体系在弛豫阶段的分解吗

老师您好，我想知道该怎么rerun呢，我在rerun的时候出现了丢失原子的报错，正常跑则没有这个报错，而且我rerun出来的species文件中没有形成团簇，只有单个原子，我想知道该怎么解决呢？

老师，请问这个in文件为什么没有进行弛豫？