cp2k中计算体系能量和原子的力的问题

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发布时间: 2023-7-21 19:42

从未经过周期性处理的分子动力学模拟轨迹中抽取一个位于体系边界上的团簇，此时团簇中有键会横跨整个盒子，在cp2k中的CP2K_INPUT / FORCE_EVAL / SUBSYS / CELL/ PERIODIC 设置为 XYZ 可不可以？

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cuihongqiang 发表于 Post on 2023-7-21 22:09:33

sobereva 发表于 2023-7-21 22:03
你如果当成三维周期性体系显然得这么设

好的，谢谢

sobereva 发表于 Post on 2023-7-21 22:03:49

cuihongqiang 发表于 2023-7-21 22:03
只要在cp2k中的CP2K_INPUT / FORCE_EVAL / SUBSYS / CELL/ PERIODIC 设置为 XYZ就可以了是吗？

你如果当成三维周期性体系显然得这么设

cuihongqiang 发表于 Post on 2023-7-21 22:03:18

sobereva 发表于 2023-7-21 22:01
不需要处理

只要在cp2k中的CP2K_INPUT / FORCE_EVAL / SUBSYS / CELL/ PERIODIC 设置为 XYZ就可以了是吗？

sobereva 发表于 Post on 2023-7-21 22:01:22

不需要处理

cuihongqiang 发表于 Post on 2023-7-21 21:57:57

就是这种体系，比如我想算体系的能量和每个原子的受力，要不要把这个构象的键提前用比如gromacs的-pbc mol ur compact 处理下

sobereva 发表于 Post on 2023-7-21 21:21:19

问题不明确，没看出你怀疑什么

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