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扩大盒子跑md报错：The largest distance between excluded atoms xxx nm

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发布时间: 2023-7-27 11:19

正文摘要:

目的：构建如图所示的模型，左边放置有机小分子，中间为分子筛，右边为真空区，通过MD查看扩散轨迹及计算扩散系数等；体系构建（周期性体系）： 1. MOR(448).cif 通过MS扩胞（4*4*8得到），体系大小为：7.3024 ...

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LIEL 发表于 Post on 2023-7-28 17:59:53

这种生成的晶胞会有周期性，跟VMD里面生成CNT一样，可以先gmx editconf把晶胞周围都加上真空，然后再转化为pdb，最后用sobtop生成top文件

boqiang 发表于 Post on 2023-7-28 16:15:23

sobereva 发表于 2023-7-28 15:30
记住要设了真空区再让sobtop产生拓扑文件，不能先产生拓扑文件再设真空区，否则相当于有了跨真空区的键

好的，谢谢sob老师，明白了

sobereva 发表于 Post on 2023-7-28 15:30:39

boqiang 发表于 2023-7-28 14:34
好的，明白了，谢谢sob老师。
因为MOR不是自己构建的，是课题组其他同事已经跑过VSAP了，一直以为这个初 ...

记住要设了真空区再让sobtop产生拓扑文件，不能先产生拓扑文件再设真空区，否则相当于有了跨真空区的键

boqiang 发表于 Post on 2023-7-28 14:34:27

sobereva 发表于 2023-7-28 13:49
先得确保拓扑关系合理，当前有显而易见的问题

诸如bonded部分，724原子是图中黄球，拓扑文件里与之有bon ...

好的，明白了，谢谢sob老师。
因为MOR不是自己构建的，是课题组其他同事已经跑过VSAP了，一直以为这个初始结构没有问题。

sobereva 发表于 Post on 2023-7-28 13:49:09

先得确保拓扑关系合理，当前有显而易见的问题

诸如bonded部分，724原子是图中黄球，拓扑文件里与之有bond项的801 809 16849 16850是图中蓝球，明显根本不符合实际的连接关系

gromacs跑这种体系毫无问题。跑不成功一定是自己有问题

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