求助：修饰后DNA添加离子时报错

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发布时间: 2023-7-27 17:06

各位老师好，我有一条一侧修饰的DNA双链序列：chain 1: 5' C-C-A, chain 2: 5' G-bpy-C 加入的bpy的结构我也贴在了附件因为将其中一个核酸的结构进行了改变，不能用正常的pdb2gmx得到拓扑文件，所以尝试了使 ...

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miaohaha 发表于 Post on 2023-7-28 10:18:26

sobereva 发表于 2023-7-28 02:58
老生常谈的问题

大概明白老师的意思了，非常感谢！我再去试一下

sobereva 发表于 Post on 2023-7-28 02:58:54

老生常谈的问题

不应当用sobtop产生这种生物大分子的拓扑文件，而是应当修改rtp去创建非标准残基，然后用pdb2gmx。靠GAFF描述核酸远不如用专门的力场

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