Huschein 发表于 2024-10-22 20:47
文献

但我查到的文件大多都是fep+做的，这些能作为参考吗？想问你具体参考的是哪些文献呢，无论怎么操作他的首尾窗口的邻接矩阵有的重合度也不太好

Jeffrey0521 发表于 2024-10-22 12:59
我意思是各个window的范德华、库仑、bonded的变化快慢是怎么确定的？

文献

Huschein 发表于 2024-10-21 20:03
我现在就是算绝对结合能 始末就是没有到出现
窗口你可以参考文献，现在一般主流是9个或者11个
梯度是什 ...

我意思是各个window的范德华、库仑、bonded的变化快慢是怎么确定的？

Jeffrey0521 发表于 2024-10-21 16:47
博主您好，想问下这个fep的始末状态分别是什么呢？就是一个化合物凭空出现吗？另外，选择10个窗口的依据是 ...

我现在就是算绝对结合能 始末就是没有到出现
窗口你可以参考文献，现在一般主流是9个或者11个
梯度是什么？

博主您好，想问下这个fep的始末状态分别是什么呢？就是一个化合物凭空出现吗？另外，选择10个窗口的依据是什么呢，梯度又是参考什么来设置的呢？求解，十分感谢！！

Huschein 发表于 2024-9-14 02:25
md是正常动力学 sd是随机动力学，sd采样更广，这样可以覆盖窗口之间的空隙，你做完FEP是要算窗口之间重叠 ...

好的，谢谢您！

yyf123 发表于 2024-9-9 20:45
我还想请教一下，integrator = md和sd的区别在哪里，对精度的影响大吗

md是正常动力学 sd是随机动力学，sd采样更广，这样可以覆盖窗口之间的空隙，你做完FEP是要算窗口之间重叠的，如果重叠的不够那就说明会有跳跃，最好是每个窗口能重叠上

我还想请教一下，integrator = md和sd的区别在哪里，对精度的影响大吗

博主您好，最近想用fep计算配体和蛋白的结合自由能，请问gromacs的fep可以使用gpu加速吗，速度会损失多少, 谢谢您

xptracy 发表于 2023-7-30 09:28
我是在主目录下运行bash AutoFEP4PC.sh，子目录下没有min.tpr

留一个联系方式吧，qq或微信，我具体看看

Huschein 发表于 2023-7-30 09:10
你要去各个Windows窗口里看有没有min.tpr，不是在主目录里看

我是在主目录下运行bash AutoFEP4PC.sh，子目录下没有min.tpr

xptracy 发表于 2023-7-29 22:49
嗯嗯，我把example的都放进来了，运行也是这两个错误
AutoFEP_For ...

你要去各个Windows窗口里看有没有min.tpr，不是在主目录里看

Huschein 发表于 2023-7-29 22:11
你去对应的子目录查有没有min.tpr这个文件，你这压根就没有执行minimization，2021版本我觉得gmx mdrun - ...

嗯嗯，我把example的都放进来了，运行也是这两个错误
AutoFEP_For_GMX-main里没有min.tpr，21版之前数据是有生成min.tpr的

xptracy 发表于 2023-7-29 21:22
请教下您是这些文件吗，还有缺什么吗，有两个错误？

alchemical-analysis替换的原文件是在哪个位置 ...

你去对应的子目录查有没有min.tpr这个文件，你这压根就没有执行minimization，2021版本我觉得gmx mdrun -deffnm是可以的，难道说非要-s指定tpr？ 你先看看有没有min.tpr吧，有的话可能我要改一下脚本适配更低版本的gmx，如果没有的话那根本就是你在prepare的时候出了问题，我的建议是，你自己先拿我的example去跑，确定是版本或者代码的问题再找我