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EasyShermo: 萌新的全自动用 Shermo 做批处理的脚本

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发布时间: 2023-7-29 01:43

正文摘要:

本帖最后由 kimariyb 于 2023-8-15 22:41 编辑 前言 各位老师好,学生是入门三个月的萌新。最近在捣鼓用量化计算热力学数据时,用到了卢老师开发的 Shermo 程序计算热力学数据。在拜读完卢老师博文《使用Sherm ...

回复 Reply

hang 发表于 Post on 2025-2-15 14:47:17
同学您好,您的脚本做的非常有用。但好像不太适合我用超算算出来的log文件后转变的后缀out文件,搜索HF后第一个地方并不像example里的数值,在我的out文件里最后一个HF才是正确数值,所以想问问这种情况应该如何解决,因为exe无法正确读取sp.out文件。“三、如果没有 MP2= 而有 HF= 则读取 HF= 后面的值(对应使用普通泛函和 HF 计算的情况)。通过循环将读取到的每个输出文件能量存储在一个有顺序的容器中,方便 Shermo 之后调用。”想知道怎么样才能设置为搜索out文件中的最后一个HF然后读取数值呢?谢谢老师!

案例文件.png (102.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

案例文件.png

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manying 发表于 Post on 2025-1-9 12:34:49
ncepu-stt 发表于 2025-1-7 23:33
您好,我想问一下,您具体是怎么修改呢?能否出一个教程呢?本人不太懂编程,所以想咨询以下

我这边是将easy-shermozhe这个文件夹中的setting.int文件它的名字改了,文件内容根据自己需求调整。我感觉是命名冲突了导致不运行。C:\Users\10593\Desktop\屏幕截图 2025-01-09 123315.jpg

屏幕截图 2025-01-09 123315.jpg (239.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

屏幕截图 2025-01-09 123315.jpg
ncepu-stt 发表于 Post on 2025-1-7 23:33:09
manying 发表于 2024-11-10 21:56
楼主编写的脚本没有问题,本人的电脑问题居多。后续经过自己尝试发现是easyShermo中的setting.ini文件与S ...

您好,我想问一下,您具体是怎么修改呢?能否出一个教程呢?本人不太懂编程,所以想咨询以下
sai77 发表于 Post on 2024-12-23 19:18:38
kimariyb 发表于 2024-12-22 17:19
你是用高斯算的单点吗?可能是需要修改文件夹中的 settings.ini 中的 spFile,将其设置为 1。不过负责高 ...

是高斯算的单点,setting里 的spFile也正确设置了
kimariyb 发表于 Post on 2024-12-22 17:19:00
sai77 发表于 2024-12-16 19:53
请问一下,我这里怎么显示无法读取能量?
用附件里example里的文件可以正常运行,用我自己的文件就提示无 ...

你是用高斯算的单点吗?可能是需要修改文件夹中的 settings.ini 中的 spFile,将其设置为 1。不过负责高斯部分的代码也有可能有bug,我目前只能保证用 Orca 的 out 文件是没问题的
sai77 发表于 Post on 2024-12-16 19:53:40
本帖最后由 sai77 于 2024-12-16 19:59 编辑

请问一下,我这里怎么显示无法读取能量?
用附件里example里的文件可以正常运行,用我自己的文件就提示无法找到能量?单点是普通泛函算的,图3截取了结束部分的信息,有HF部分的数据。
用了1.3.0的EasyShermo和Shermo_2.6也是同样的报错信息。
多谢。


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example正常运行

example正常运行

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报错信息

报错信息

3.png (44.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

单点能结束部分

单点能结束部分
manying 发表于 Post on 2024-11-10 21:56:15
kimariyb 发表于 2024-11-9 22:22
尝试用 github 里 release 中的试试,帖子中的版本比较老了,没有更新上去。我个人平常用的是 Shermo2.6  ...

楼主编写的脚本没有问题,本人的电脑问题居多。后续经过自己尝试发现是easyShermo中的setting.ini文件与Shermo_2.6中的setting.ini,名字冲突,导致无法调用Shermo,自己改了easyShermo中的setting.ini文件名字,以及easyShermo.py中的相关部分就可以实现调用且速度很快。非常感谢楼主分享

202411102156081379..png (158.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

202411102156081379..png
kimariyb 发表于 Post on 2024-11-9 22:22:37
manying 发表于 2024-11-9 15:42
我这使用2.6版本的Shermo软件,自己使用单个文件计算时可以正常使用,并且也可以在其文件夹中运行Shermo命 ...

尝试用 github 里 release 中的试试,帖子中的版本比较老了,没有更新上去。我个人平常用的是 Shermo2.6 和 release 中的可执行文件。如果是 ORCA 单点加 Gaussian 优化是没问题的。一次性处理 20 几个数据也很方便。
manying 发表于 Post on 2024-11-9 15:42:03
本帖最后由 manying 于 2024-11-9 16:13 编辑

我这使用2.6版本的Shermo软件,自己使用单个文件计算时可以正常使用,并且也可以在其文件夹中运行Shermo命令。在使用批量计算脚本却无法调用Shermo软件不知该如何解决

屏幕截图 2024-11-09 154122.jpg (234.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

屏幕截图 2024-11-09 154122.jpg
大王来何 发表于 Post on 2024-4-13 10:41:13
&#128046;的,膜拜
kimariyb 发表于 Post on 2023-8-28 15:31:43
alonewolfyang 发表于 2023-8-28 14:14
有点愚蠢的经历,才发现Shermo必须为最新版的才能用

2.3.6 和最新的 2.4 版本应该都可以用,写这个脚本的时候用的是 2.3.6 版本
alonewolfyang 发表于 Post on 2023-8-28 14:14:13
本帖最后由 alonewolfyang 于 2023-8-28 15:08 编辑

有点愚蠢的经历,才发现Shermo必须为最新版的才能用

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