计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 第一性原理 (First Principle) › 关于CP2K计算后的，过渡态数据能量-结构分析？

关于CP2K计算后的，过渡态数据能量-结构分析？

查看数: 1538 | 评论数: 11 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

lao7

发布时间: 2023-8-1 08:39

正文摘要:

各位老师好，请教一个如下问题：用CP2K进行了一个过渡态计算，计算后cp2k输出了**.out文件，我用grep提取了ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy [a.u.]对应的能量。现在想看对应的能量与结构之间的关系（过渡态 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2023-8-1 21:26:31

lao7 发表于 2023-8-1 21:19
谢谢！我没有完全明白您的意思。您提到：“只需要关注判断收敛牵扯到的指标”，指的是只关注图上的峰值（ ...

如果你想看能量变化趋势，看是不是逐渐减小，用real energy change后面的

sobereva 发表于 Post on 2023-8-1 21:00:34

lao7 发表于 2023-8-1 20:51
谢谢SOB，我进一步请教：我用了刚刚讨论的图中的标示3位置的能量值，随着优化步数的增加，数据应该揭示二氧 ...

能量变化不纳入收敛限，没必要管这个
只需要关注判断收敛牵扯到的指标

sobereva 发表于 Post on 2023-8-1 17:15:50

lao7 发表于 2023-8-1 16:52
十分感谢！我进一步请教一下，如图所示，这里面有三个能量。我应该取哪一个1、2、3中的哪一个能量值，来显 ...

如果对绝对能量感兴趣，用1
对于监控收敛目的，看3

sobereva 发表于 Post on 2023-8-1 16:30:55

lao7 发表于 2023-8-1 16:27
谢谢sob，请参见压缩文件out和xyz文件。我想进一步了解的是，每一步的能量（同于Gview查看gaussian计算的优 ...

我展示的

没明确写单位的地方一律是原子单位

lao7 发表于 Post on 2023-8-1 16:27:46

谢谢sob，请参见压缩文件out和xyz文件。我想进一步了解的是，每一步的能量（同于Gview查看gaussian计算的优化能量变化结果）：”ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy [a.u.]“，还是你刚刚展示的框中的“total energy”呢？如果是框中的total energy，那么这个数值为什么那么小？单位是原子单位吗？

HCO2.zip

226.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

sobereva 发表于 Post on 2023-8-1 14:53:56

lao7 发表于 2023-8-1 13:45
用的dimer，谢谢！由于限制，我无法上传完整的out文件。

超过500KB的文本文件必须压缩后再上传，首页公告栏明确说了，另见
计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672（http://bbs.keinsci.com/thread-37881-1-1.html）

监控方式在培训里说了

用VMD观看后缀是-pos-1.xyz的文件就可以观看优化过程。

lao7 发表于 Post on 2023-8-1 13:45:29

本帖最后由 lao7 于 2023-8-1 13:56 编辑

sobereva 发表于 2023-8-1 12:32
先说明用的什么方法算的过渡态，dimer还是CI-NEB

3 在计算化学领域里，在没有额外说明的情况下，a.u.一 ...

用的dimer，谢谢！由于限制，我无法上传完整的out文件。

sobereva 发表于 Post on 2023-8-1 12:32:17

先说明用的什么方法算的过渡态，dimer还是CI-NEB

3 在计算化学领域里，在没有额外说明的情况下，a.u.一律是指atomic unit。查wiki了解相关知识

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register