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rmsf换算成B因子的疑问

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jia1012428

发布时间: 2023-8-1 19:35

正文摘要:

老师您好，讲义（90-92页）说gmx生成rmsf的单位是nm，我生成的xvg文件确实如此。然后我运行了讲义上的程序gmx rmsf -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -o rmsf.xvg -res -oq bfac.pdb -b 40000（略有修改），生成的文件没 ...

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jia1012428 发表于 Post on 2023-8-3 01:19:56

搜到文章了，学习过，谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2023-8-2 23:17:50

jia1012428 发表于 2023-8-2 01:04
老师，我按您说的，操作成功了，请见附件。
讲义里说按照程序运行计算rmsf，并把rmsf换算成b因子。之后把 ...

要么都用RMSF比，要么都用B因子比，讲义上说了，在我的Biochemistry 2009, 48, 7986–7995给了RMSF与B因子的转换关系

sobereva 发表于 Post on 2023-8-2 00:54:54

jia1012428 发表于 2023-8-2 00:36
老师，您辛苦了。
我这次运行rmsf选择了protein，就没有出现上面的问题，我附带了pdb文件，请检查。
rmsf ...

不知道你说的nm指什么
讲义里解释得很详细了。ba2r干的正是gmx rmsf做不到的事
beta就是B因子

jia1012428 发表于 Post on 2023-8-2 00:36:08

老师，您辛苦了。
我这次运行rmsf选择了protein，就没有出现上面的问题，我附带了pdb文件，请检查。
rmsf.xvg里显示的是残基和nm之间的关系，并不是残基和b因子之间的关系，请问这个有影响吗
需要用ba2r吗
请问在vmd里，用b因子着色，具体选哪个，我看coloring method里b开头的只有backbone和beta，都不是b因子