灵芝5 发表于 2023-8-4 21:16
好的，谢谢！

另外想请教一下。用这个指令pmemd.cuda -O -i 06_gamd_1.in -o 06_gamd_1.out -p nanobody ...

1）没必要转成GROMACS轨迹文件；
2）若想从amber轨迹文件中，以pdb格式提取某个或某些时间点的轨迹，可参考如下命令：
parm nanobody_sol.prmtop
trajin 06_gamd_1.mdcrd lastframe
autoimage
trajout x.pdb
run
3）详情看AMBER manual；

灵芝5 发表于 2023-8-3 16:20
谢谢解答。
我刚开始用amber软件，不太懂。请问指令哪里有问题？

1）比如说你的拓扑是nanobody_sol.prmtop，而命令里写的是nanobody_solv.prmtop；就是写错了，没什么别的问题。

谢谢解答。
我刚开始用amber软件，不太懂。请问指令哪里有问题？

1）仔细检查你的command。写错了。