求助：模拟丙氨酸二肽，水跑到盒子外面怎么解决？

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发布时间: 2023-8-3 16:18

您好，我刚开始用AMBER软件，参照官网示例，试了丙氨酸二肽的模拟。模拟结束后，把amber的03_Prod.nc轨迹文件，转成了gromacs的xtc，之后取每隔10ps的pdb。但是在pdb中，我发现盒子里的水逐渐跑到盒子外面了 ...

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灵芝5 发表于 Post on 2023-8-3 20:28:49

感谢卢老师答复。

我是刚开始使用AMBER软件跑轨迹，所以有很多不懂。请问卢老师，怎么用cpptraj里修正轨迹，让体系分子在盒子中间？

sobereva 发表于 Post on 2023-8-3 17:51:00

cpptraj里修正轨迹，按照周期性记录轨迹

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