纯有机溶液是否有必要添加位置限制？

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发布时间: 2023-8-4 22:12

如题，最近在做将蛋白质扔进有机溶剂里观察其rmsf，之前都是扔进水盒子里进行模拟的。因为是自己弄得top和itp文件，在溶剂化那步直接将有机分子当水填充进去。学着别人用genrestr获得其该有机分子结构的posre文 ...

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Cclown 发表于 Post on 2023-8-5 19:33:37

sobereva 发表于 2023-8-5 01:40
搞清楚模拟蛋白质体系位置限制加的目的是什么。显然无论你用什么溶剂，位置限制只需要给蛋白质加

好的，谢谢老师，我后面也想明白其实不该加这个位置限制

sobereva 发表于 Post on 2023-8-5 01:40:28

搞清楚模拟蛋白质体系位置限制加的目的是什么。显然无论你用什么溶剂，位置限制只需要给蛋白质加

Cclown 发表于 Post on 2023-8-4 22:42:09

后面更改了有机小分子itp中的，位置限制索引信息，将posres改成POSRES_CHO最后跑出来了，压力平衡到了-4，是正常的波动了
不太知道为啥，可能是因为，没有后面的索引他定位了所有的位置限制？混淆了？
那我跑NVT和之前没加蛋白的时候跑纯溶质体系平衡的时候，为啥没有报错呢？

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