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ORCA计算164个原子的有机大分子频率出错

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piggyFLYING

发布时间: 2023-8-5 09:57

正文摘要:

我使用ORCA5.0.0计算164个原子的有机大分子（如下图）几何优化、频率，输入文件： ! B3LYP def2-SVP def2/J RIJCOSX opt freq noautostart miniprint nopop %maxcore 16000 %pal nprocs 12 end * xyz ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2023-8-7 22:44:50

KSeGaSn 发表于 2023-8-7 14:49
没有，我特意留了900G的硬盘算这个频率，但是只写入了60G的数据。我一直放到现在也没有任何报错，我去论 ...

看看是不是maxcore设置不合理，maxcore太小会导致batch数增加、计算耗时增加。至于计算不再更新的问题，也可能是openmpi设置有问题，或者遇到了偶然的硬件问题

KSeGaSn 发表于 Post on 2023-8-7 21:49:32

wzkchem5 发表于 2023-8-7 16:02
是不是硬盘满了？

没有，我特意留了900G的硬盘算这个频率，但是只写入了60G的数据。我一直放到现在也没有任何报错，我去论坛上也没看到什么类似的情况，可能是bug？另外老师我是做一个优化后T1态的虚频检验（UKS），光算这个fock operator就要用9000s * 23Batch，是不是到后面CP-SCF也不太能算得动啊……

wzkchem5 发表于 Post on 2023-8-7 16:02:42

KSeGaSn 发表于 2023-8-7 02:37
老师您好，我在做一个和楼主体系大小相似的频率计算时，到了Response fock operator R(S(x)) (SHARK-RIJC ...

是不是硬盘满了？

KSeGaSn 发表于 Post on 2023-8-7 09:37:54

wzkchem5 发表于 2023-8-5 15:36
大概率是内存不足

老师您好，我在做一个和楼主体系大小相似的频率计算时，到了Response fock operator R(S(x)) (SHARK-RIJCOSX)分23个Batch，顺利计算了15个之后在第16个batch上卡死，五倍于上一个Batch计算时间里out文件无更新，CPU和内存都不再被大量占用，请问这个是什么问题呢？是不是也只能重新提交任务计算了，谢谢老师。

dnlx 发表于 Post on 2023-8-7 03:50:25

柔性大分子做振动分析，B3LYP显然应该加D3。

另外这个分子有太多的共轭pi键，B3LYP可能不适合做优化+振动分析
("B3LYP不适合优化大共轭体系，这点很多人都不知道。"http://sobereva.com/557)

但是wB97X-D3更费时间和内存

wzkchem5 发表于 Post on 2023-8-5 15:36:59

大概率是内存不足

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