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葡萄糖催化反应坐标台阶图求助

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landian666

发布时间: 2023-8-6 10:12

正文摘要:

本帖最后由 landian666 于 2023-8-7 09:39 编辑想计算葡萄糖吸附在不同催化剂表面的自由能变化台阶图。计算方法按照sob老师在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》(http://sobereva.com/32 ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2023-8-7 17:52:16

landian666 发表于 2023-8-7 09:57
感谢sob老师和wzkchem5老师的回答，已经仔细阅读了链接。

还有一个疑问是关于水分子的自由能问题，我 ...

零点不同，高斯的能量零点是所有原子核和电子彼此都距离无穷远的状态，VASP的能量零点应该是所有原子彼此距离无穷远、且没有自旋极化，但电子没有从原子核电离的状态。好比高斯说你家楼顶高度1050m，说的是海拔；VASP说你家楼顶高度50m，说的是楼高。两个数都对，能量相减的时候零点统一就行

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LittlePupil	+ 3	学到了

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lhx-xwzj 发表于 Post on 2023-8-7 17:34:19

landian666 发表于 2023-8-7 16:57
感谢sob老师和wzkchem5老师的回答，已经仔细阅读了链接。

还有一个疑问是关于水分子的自由能问题，我 ...

不同的计算软件绝对能量差距就是很大，Gaussian和vasp绝对能量没有可比性

landian666 发表于 Post on 2023-8-7 16:57:28

sobereva 发表于 2023-8-6 18:05
这是文献里常见的不正确的计算自由能变的公式，下文里最后一节我还专门批了
谈谈重复不出来计算化学文献里 ...

感谢sob老师和wzkchem5老师的回答，已经仔细阅读了链接。

还有一个疑问是关于水分子的自由能问题，我用Gsol=Ggas+△Gsolva+1.89方法计算出来水分子自由能为-76.4Hartree，大约-2080.9ev。但是查询到的文献包括文献中vasp的计算结果，水分子自由能为-14.2ev，这两个数值有着数量级的差别，想请教一下是这两者有什么区别或者错误吗？谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2023-8-6 18:05:42

这是文献里常见的不正确的计算自由能变的公式，下文里最后一节我还专门批了
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html）

当前语境下activation叫活化，仔细看此文
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506（http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html）

wzkchem5 发表于 Post on 2023-8-6 17:07:56

没有“激活自由能”这个说法，改成标准术语再问，不然我们不知道你说的是什么意思
截图的计算方法不严格，因为漏掉了pV和U(T)-U(0)这两项。参见http://gaussian.com/thermo/

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