LAMMPS中密度不均一体系域分解问题，和性能调优的一点经验

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发布时间: 2023-8-7 18:48

本帖最后由 Graphite 于 2023-11-22 13:21 编辑 1、起因在用LAMMPS帮别人用多体势算一些无机材料体系时，因为性能调优很是折腾了一阵子。这些体系包括纳米团簇、金属-液体界面、气相热解等。共同的特点是性 ...

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目前还不会计算 发表于 Post on 2024-5-1 21:13:19

我最近用GPU加速lammps计算，kokkos加速，然后发现计算发现，单卡的适合计算没问题，但是多卡并行计算的时候，发现只一个卡在计算，其他卡基本上出工不出力，功耗很低，，调用不起来，不知道你遇到过没有

lmch 发表于 Post on 2024-2-28 21:52:31

Graphite 发表于 2024-2-27 18:55
节点间mpi通信+节点内部分omp还可以，具体看整个计算系统的架构，要最大化性能得专门调优，找到甜区，比 ...

感谢，测试上4~8 OMP效果上要相对好一些，有些集群很怪，纯MPI居然跑不起来

Graphite 发表于 Post on 2024-2-27 18:55:05

本帖最后由 Graphite 于 2024-2-27 18:56 编辑

lmch 发表于 2024-2-27 15:36
多节点的话OMP包加速的效果怎么样，我自己测感觉要比纯MPI并行的效果好一些

节点间mpi通信+节点内部分omp还可以，具体看整个计算系统的架构，要最大化性能得专门调优，找到甜区，比如4 node× 8 MPI×4 OMP之类。

lmch 发表于 Post on 2024-2-27 15:36:00

Graphite 发表于 2024-1-25 15:09
大部分情况值得一试tiled+rcb，但不绝对：一方面是有些功能/fix只适配第一种最简单划分；另一方面是复杂 ...

多节点的话OMP包加速的效果怎么样，我自己测感觉要比纯MPI并行的效果好一些

Graphite 发表于 Post on 2024-1-25 15:09:47

ggshining 发表于 2024-1-24 22:32
从图中来看是不是表明tiled样式+rcb方式的划分最好？是否推荐用这个样式，还是推荐中间的brick样式+shift方 ...

大部分情况值得一试tiled+rcb，但不绝对：一方面是有些功能/fix只适配第一种最简单划分；另一方面是复杂划分舍弃了空间上的平均均，在如含能材料向真空爆炸、快速的冲击、蒸发等情况下，容易粒子越界崩。（不过这些情况也不用跑太久就是了）

ggshining 发表于 Post on 2024-1-24 22:32:20

从图中来看是不是表明tiled样式+rcb方式的划分最好？是否推荐用这个样式，还是推荐中间的brick样式+shift方式？

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