gromacs计算残基和化合物的结合能为0

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发布时间: 2023-8-8 11:51

gromacs跑完MD后导出的gro，gmx energy计算化合物与残基的结合能。从最后的距离判断ARG的胍基N原子和化合物的O原子距离符合氢键标准，但是结合能输出为0，是什么原因呢？（可能是因为角度不符合判断标准吗？但是Co ...

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lucies123 发表于 Post on 2023-8-10 10:59:02

sobereva 发表于 2023-8-8 21:43
组里面原子序号没写对，或者化合物没定义原子电荷，等等

嗯嗯，多谢sob老师，我再检查一下

sobereva 发表于 Post on 2023-8-8 21:43:48

组里面原子序号没写对，或者化合物没定义原子电荷，等等

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