计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助：计算带有离子液体的溶剂体系溶解自由能时遇到的报 ...

求助：计算带有离子液体的溶剂体系溶解自由能时遇到的报错

查看数: 1092 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

sungl123456

发布时间: 2023-8-13 21:52

正文摘要:

本帖最后由 sungl123456 于 2023-9-24 20:33 编辑求助帖：本人根据官方给出的文档和知乎上的翻译帖（中文为https://zhuanlan.zhihu.com/p/359370755?utm_id=0，英文为http://www.mdtutorials.com/gmx/free_ene ...

回复 Reply

sungl123456 发表于 Post on 2023-8-14 11:12:40

楼主回复：再次感谢sob老师回复，因为本人很懒，不知道怎么编译最新版本的GROMACS，所以尝试了其他几个版本，包括2019.3,2019.3_GPU,2020.6_GPU。同时在多次更改初始构型后，没有解决这个问题，因此只能在这里提出我的解题思路。首先我认为问题应该是出在mdp中溶解自由能的关键词设定上，因为我跑不加入自由能计算单独构型的模拟，是没有问题的。但同时我的关键词是按照教程中的关键词设定的，所以我不是很理解这个过程。同时我查阅文献看到文献中能够基于带电粒子计算自由能，所以应该也不是静电力或者范德华作用在构型之间转变的时候发生的问题。我在把GROMACS的版本从GPU版本切换成CPU版本后，这个问题没有解决，同时CPU版本的还会报其他错误（比如盒子大小不合适需要我加个-ntmpi 1之类的）。以上是我的尝试，问题没有解决，如果后来者碰到类似问题，请尝试使用最新版的GROMACS。不过对于我来说，我不想尝试了，毕竟，世上无难事，只要肯放弃。一条路走不通，何必这么为难自己呢：）

sungl123456 发表于 Post on 2023-8-14 10:54:57

sobereva 发表于 2023-8-13 23:23
如果你确信严格按照了英文教程操作，尝试gromacs最新版本

感谢sob老师回复，不过问题没解决，我会把我的一部分解题想法放在下面

sobereva 发表于 Post on 2023-8-13 23:23:30

如果你确信严格按照了英文教程操作，尝试gromacs最新版本

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register