求助：使用MDAnalysis分析RDF

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发布时间: 2023-8-17 15:31

如何使用MDAnalysis，来实现像这篇文献一样，把一个分子拆成几个部分，然后这几部分之间做质心径向分布函数分析

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sweetbotsu 发表于 Post on 2023-11-9 15:23:30

定义几个原子group，然后对每一帧计算group的质心然后算分布？直接调用rdf不知道行不行啊。
ps：我觉得MDA的算法优化其实挺差的，不建议使用这个库，可以看看freud

对抗路达摩 发表于 Post on 2023-8-24 19:23:40

把每一个frame的质心的坐标读出来然后处理就行 rdf本质上就是每一个frame的距离算出来的

丁越 发表于 Post on 2023-8-18 09:29:25

我记得travis有这个功能，你试试看

sobereva 发表于 Post on 2023-8-18 04:56:42

GROMACS的gmx rdf结合选择语句自己就可以实现。参考

类似地，molcom of后面也可以接别的，比如一批原子名之类，实现选择某个片段的质心。

如果是其它程序用户，也可以想办法借用此工具。

jrfjrf123 发表于 Post on 2023-8-17 18:16:00

在轨迹文件中虚拟出你需要的质心原子，再用这些原子做RDF分析？
不太清楚MDAnalysis里有没有直接的功能
可以自己写个脚本弄出这些虚拟质心再计算

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