求助，溶液结冰时冰晶移动，溶质分子周期性问题

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发布时间: 2023-8-17 21:04

本帖最后由非好汉于 2023-8-17 21:16 编辑求助，请问各位大佬，在溶液结冰中出现的一些问题(刚开始中间是冰，两侧是溶液，两侧各有7个溶质分子) 0ns------30ns------100ns（下面三幅图为去除水分子的图） ...

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非好汉 发表于 Post on 2023-8-18 12:27:52

sobereva 发表于 2023-8-18 04:49
动力学模拟过程中由于力和坐标的计算误差并累积，整个体系可能存在明显的虚假的平移
如果两侧状态本来就是 ...

好的，谢谢老师，我试试

sobereva 发表于 Post on 2023-8-18 04:49:08

动力学模拟过程中由于力和坐标的计算误差并累积，整个体系可能存在明显的虚假的平移
如果两侧状态本来就是相同的，两侧的冰的增长应当是对称的，为了可视化方便，可以把根据冰的中央的一些原子定义成一个组，用trjconv结合-center转换轨迹时让它们始终居中

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