zjxitcc 发表于 2023-8-18 19:04
可以算，用frag_guess_wfn小程序调用Gaussian即可搞定（不依赖其他程序）。frag_guess_wfn原本是设计用来产 ...

收到，谢谢老师，学生去做一下，非常感谢！

可以算，用frag_guess_wfn小程序调用Gaussian即可搞定（不依赖其他程序）。frag_guess_wfn原本是设计用来产生GKS-EDA输入文件和轨道、加速GKS-EDA计算的，但恰好可以用于你这个问题。由于你没提供你的体系坐标，我这里以乙烷+O2复合物为例，片段分别是甲基、甲基和单重态O2，片段电荷和自旋与你体系一样。首先也是写一个gjf文件

1. %mem=48GB
   
2. %nprocshared=28
   
3. #p UB3LYP/def2TZVP guess(fragment=3) em=GD3BJ
   
4. 
   
5. {gks}
   
6. 
   
7. 0 1 0 2 0 -2 0 1
   
8. C(Fragment=1)     -3.42837266    0.18776078    0.00000000
   
9. H(Fragment=1)     -3.07171823   -0.82104923    0.00000000
   
10. H(Fragment=1)     -3.07169982    0.69215897   -0.87365150
    
11. H(Fragment=1)     -4.49837266    0.18777396    0.00000000
    
12. C(Fragment=2)     -2.91503044    0.91371705    1.25740497
    
13. H(Fragment=2)     -1.84503225    0.91200998    1.25838332
    
14. H(Fragment=2)     -3.27008700    1.92309006    1.25642758
    
15. H(Fragment=2)     -3.27329940    0.41044905    2.13105517
    
16. O(Fragment=3)     -1.84362341    2.40280619   -1.71880138
    
17. O(Fragment=3)     -1.37777765    3.46082196   -1.83240116
    
18. 
    

复制代码

这里不仅单重态O2要对称破缺，被强行切断的乙烷也要对称破缺，两个片段自旋相反。运行

1. frag_guess_wfn ethane_O2.gjf >ethane_O2.out 2>&1

复制代码

注意不要写mix, only, counterpoise等关键词，这对frag_guess_wfn没用，这个小程序已经自动考虑了该考虑的因素。用28核耗时2.5 min，期间是自动调用Gaussian做计算的。frag_guess_wfn还会让高斯检查每个片段的波函数稳定性、整体的波函数稳定性，确保计算更为严谨。打开输出文件ethane_O2.out可以看到每个片段的能量、不考虑BSSE的结合能、考虑BSSE的结合能等信息

1. i=  1, frags(i)%e =      -39.847986264, frags(i)%ssquare=   0.75
   
2. i=  2, frags(i)%e =      -39.847986284, frags(i)%ssquare=   0.75
   
3. i=  3, frags(i)%e =     -150.371200852, frags(i)%ssquare=   1.00
   
4. i=  4, frags(i)%e =      -39.848239284, frags(i)%ssquare=   0.75
   
5. i=  5, frags(i)%e =      -39.848245809, frags(i)%ssquare=   0.75
   
6. i=  6, frags(i)%e =     -150.371404205, frags(i)%ssquare=   1.00
   
7. i=  7, frags(i)%e =     -230.237732736, frags(i)%ssquare=   1.00
   
8. 
   
9. If you are performing a GKS-EDA calculation using DFT or a LMO-EDA calculation
   
10. using HF, then the following energy should be close to 'TOTAL INTERACTION ENERGY'
    
11. of 'OWN BASIS SET' section in GAMESS output:
    
12.    -107.03 kcal/mol
    
13. 
    
14. and the following energy should be close to 'TOTAL INTERACTION ENERGY' of
    
15. 'ALL BASIS SET' section in GAMESS output:
    
16.    -106.58 kcal/mol

复制代码

此时会生成GKS-EDA输入文件和轨道文件ethane_O2.inp，用来做能量分解计算，但这对你没啥用，就不用管了。frag_guess_wfn是开源、免费的MOKIT程序里的一个小程序。MOKIT提供在线联网安装、Linux预编译版、Windows预编译版等多种安装方式，见中文简介。

sobereva 发表于 2023-8-18 18:12
我不知道你算的是什么，以及原本文章怎么写的，没法说
如果不涉及弱相互作用，就不需要考虑BSSE问题。就 ...

收到，谢谢老师！

wzkchem5 发表于 2023-8-18 17:03
先用一个不做counterpoise的任务产生初猜，再用另一个做counterpoise的任务读取这个波函数做counterpoise

收到，谢谢老师！

liurui 发表于 2023-8-18 16:15
但是老师，审稿人说Some of the energy differences computed in this study are small. Is there any re ...

我不知道你算的是什么，以及原本文章怎么写的，没法说
如果不涉及弱相互作用，就不需要考虑BSSE问题。就算算弱相互作用，用个足够大的基组，BSSE问题也可以忽略。BSSE跟研究是否涉及对称破缺没直接关系。

liurui 发表于 2023-8-18 09:15
但是老师，审稿人说Some of the energy differences computed in this study are small. Is there any re ...

先用一个不做counterpoise的任务产生初猜，再用另一个做counterpoise的任务读取这个波函数做counterpoise

sobereva 发表于 2023-8-18 15:19
别瞎搅合在一起
counterpoise任务和产生片段初猜的任务试图一起做毫无意义

但是老师，审稿人说Some of the energy differences computed in this study are small. Is there any reason to worry about basis set superposition error？对称破却态考虑BSSE，老师，我需要反驳一下这位审稿人吗，谢谢老师

sobereva 发表于 2023-8-18 15:19
别瞎搅合在一起
counterpoise任务和产生片段初猜的任务试图一起做毫无意义

收到，谢谢老师

别瞎搅合在一起
counterpoise任务和产生片段初猜的任务试图一起做毫无意义