求助：蛋白质第一水合层能量分析

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xjw

发布时间: 2023-8-25 20:28

老师好，我想问下怎么计算蛋白质第一水合层中水和蛋白质的能量大小？如下图

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sobereva 发表于 Post on 2023-9-6 23:50:11

xjw 发表于 2023-9-6 18:59
老师，这种index文件怎么构建啊？

gmx select命令可以根据选择语句（里面可以利用within关键词）产生满足要求的原子构成的索引文件

xjw 发表于 Post on 2023-9-6 18:59:16

sobereva 发表于 2023-8-26 20:59
没有现成的功能
可以自己写shell脚本循环各帧，每次建立恰当的索引文件包含相应时刻的第一水合层的原子， ...

老师，这种index文件怎么构建啊？

sobereva 发表于 Post on 2023-8-26 20:59:17

没有现成的功能
可以自己写shell脚本循环各帧，每次建立恰当的索引文件包含相应时刻的第一水合层的原子，做rerun得到水层和蛋白质之间的相互作用能。之后做统计分析

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