求助 Gromacs跑多聚体粗粒化模型,蛋白自身分离，多聚体的粒子杂糅在一起

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Wey

发布时间: 2023-8-27 11:54

我用Gromacs跑多聚体粗粒化模型，不处理轨迹时，各个蛋白自身也会分离，处理了轨迹，让蛋白自身保持完整，各个蛋白的粒子杂糅在一起。我尝试只跑了这个多聚体的一个蛋白，用这样的参数，也有上述情况，蛋白自身变化 ...

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Wey 发表于 Post on 2023-8-28 08:49:30

请较各位老师，这种现象可能是哪里出现错误？还是各个蛋白是个相对保守的结构，感觉就算多聚体跑粗粒化不稳定，但单独一个单体不应该变化如何之大，以至于之前反平行有相互作用的二级结构现在相距甚远

Wey 发表于 Post on 2023-8-27 15:16:13

ys_song 发表于 2023-8-27 12:18
能正常跑完，大体没有什么问题，应该是VMD的显示角度没有调整好，要注意有一个周期性盒子存在

周期性盒子是被去除了，RMSD的值也很大，最小30+埃，最大高达70+埃，转化成全原子之后RMSD的值也这么大，转换后蛋白自身二级结构不在了，而且初始结构反向平行的β折叠现在相隔很远。这也可能是显示的问题嘛？粗粒化用vmd除了beads和vdw 还有其他的显示

ys_song 发表于 Post on 2023-8-27 12:18:41

能正常跑完，大体没有什么问题，应该是VMD的显示角度没有调整好，要注意有一个周期性盒子存在

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