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求助在Autodock Vain上环糊精衍生物与药物对接失败

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小机灵鬼

发布时间: 2023-8-29 11:09

正文摘要:

使用Autodock Vain，令环糊精衍生物与药物对接，药物没有进入环糊精的空腔内，不知道哪个环节出了问题，老师也不太了解分子对接，只能靠孩子自己摸索了，希望大佬们能指点一下迷津，感恩我的过程如下： 1. 结构 ...

回复 Reply

c00jsw00 发表于 Post on 2023-9-8 02:52:06

這個web server 其實只是一個介面,兄臺你可以將configure 下載之後再自己的PC OR LINUX 運行...另外你的藥物結構很奇怪..也許你先把sdf 轉換成有bond order 資訊的mol2 file 試試看..我之前也做過這一個計算..都還OK 抑制劑都有塞入環狀糊經的中間孔洞...

小机灵鬼 发表于 Post on 2023-8-30 08:47:29

c00jsw00 发表于 2023-8-29 12:22
1.可以直接使用這一個web vina (https://durrantlab.pitt.edu/webina/)
2.設置好环糊精衍生物的center of ...

我尝试了，在这个网站上已经运行了超过十个小时了，对接的结果还是没有出来，是我操作错了吗

c00jsw00 发表于 Post on 2023-8-29 12:22:54

1.可以直接使用這一個web vina (https://durrantlab.pitt.edu/webina/)
2.設置好环糊精衍生物的center of mass
3.增加vina docking output 數量

小机灵鬼 发表于 Post on 2023-8-29 12:13:21

认真看完啦，我以后会注意的，非常抱歉

sobereva 发表于 Post on 2023-8-29 12:08:51

帖子发在该发的地方。这次给你移动了，以后注意
别自己在标题上写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html明确说了，这次给你改了，以后注意。

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