本帖最后由 Eva_Winter 于 2023-9-4 09:34 编辑 wzkchem5 发表于 2023-9-4 00:42 好的，非常感谢。我先试试改小一点扫描步长，这里我只单独用了Gaussian柔性扫描。之前我试了用Gaussian+xtb做柔性扫描，发现程度没有读入二面角扫描以及固定原子的语句，也还不知道是为什么。 不行的话我再尝试下orca+xtb，主要还没用过orca，再次感谢。 |
Eva_Winter 发表于 2023-9-1 03:47 可能是二面角步长太大，原子打架了 此外，如果高斯结合xtb总是优化不了的话，可以考虑用orca结合xtb，这样可以使用orca的L-Opt方法，出错概率低，每步优化所需时间快，虽然优化步数会偏多（因为是在笛卡尔坐标下优化的），但对于大体系半经验计算而言，节省的每步计算时间比优化步数变多导致多费的时间要多 |
sobereva 发表于 2023-8-31 15:14 麻烦社长再问一下， 柔性扫描第一步尚未跑完，又报错了New curvilinear step not converged. Error imposing constraints。是不是我这个原子太多，感觉很难不出错，调试结构还不知道从哪入手好。您有什么建议吗？ 另外我考虑了一下是不是可以转变一下思路。 （1）xtb模拟大体系似乎出错率更低一些，之前看了您写的Gaussian和xtb联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析（http://sobereva.com/421），我就试了一下用来柔性扫描，关键词#P opt=(modredundant,loose) nosymm external='./xtb.sh'，xtb.sh里就执行xtb的地方改了一下yhrun -N1 -c28 -p TH_LONG xtb.....,最后结果出来变成了单点计算（输出有提示Optimization completed，应该是第一步就收敛了）。最主要是输出文件没有这句话“The following ModRedundant input section has been read:”，所以应该没有读到4楼我列出来的固定原子以及扫描二面角的语句。 想问一下老师，是不是Gaussian和xtb联用不能做柔性扫描？还是我的方法有误？ （2）我想把配体（图中带绿色轮廓）单独拿出来做柔性扫描，得到不同二面角下的结构后再放进去图中氨基酸构成的外壳内，再优化计算单点能。这个想法合理吗？我先尝试了一下可行性，问题在于扫描单独配体的二面角时，我并不想让图中左侧部分绿原子翻转（我用GROMACS+plumed模拟过这个蛋白-配体体系中配体二面角变化，发现由于蛋白对配体的作用，二面角变化时主要是右侧部分绿原子位置变化），那么问题就来了，我freeze左侧一个或者若干个重原子最后都会出现下面这样的错误。请问老师，这个方法还值得解决报错问题做下去吗？ New curvilinear step not converged. Error imposing constraints 或者New curvilinear step failed, DQL= 2.36D-06 SP=-1.38D-02. RedCar failed. （3）还有一个想法，由于我用GROMACS+plumed已经获得了不同二面角下的配体结构，能不能把这些结构提取出来放到最初量化优化好的簇模型里面，替换原来的配体，然后优化，再计算不同二面角下的单点能呢？ 不好意思问题有些多，希望老师有空时可以帮忙看一下，非常感谢 |
sobereva 发表于 2023-8-31 15:14 哦哦哦收到，谢谢社长 |
Eva_Winter 发表于 2023-8-31 15:10 370 F后头别有空行，否则程序以为柔性扫描定义完毕了，直接当成限制性优化了 |
sobereva 发表于 2023-8-31 00:23 社长太厉害了，果然把readopt那些去掉，只用F来固定alphaC程序能跑下去。不过有了一个新问题，就是我这个柔性扫描怎么跑成了优化结构了？gaussview看数据是optimization的结果，没有scan的。麻烦社长给看一下谢谢 关键词# pm7 opt=(modredundant,loose) nosymm 输入文件最后部分： H 3.52221100 -8.81899200 -1.02872500 H 5.92545900 -8.33430800 -3.58841300 H 4.26662300 -7.73439100 -3.72586800 H 5.33205100 -7.71241600 -5.13735600 1 F 13 F 27 F 39 F 54 F 63 F 73 F 78 F 87 F 89 F 99 F 113 F 119 F 135 F 145 F 151 F 156 F 170 F 182 F 197 F 212 F 231 F 247 F 252 F 257 F 272 F 287 F 292 F 355 F 364 F 370 F 316 317 318 319 S 36 10. |
sobereva 发表于 2023-8-31 00:23 好的，非常感谢社长，我试试 |
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先把readopt及相关的去了，看能否跑起来几步，之后再说固定的事。或者通过诸如 4 F 8 F ... 这样只利用modredundant固定alpha碳再试 柔性扫描可以用loose收敛限充分节约时间 你的图都差不多600KB了，显然过大。像素高达5736*4569，贴的图哪用得着这么高的像素 |
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