sobereva 发表于 2025-7-29 01:13
叫哪个都可以

谢谢。

dreamyeye 发表于 2025-7-28 15:01
sob老师，这个形变能应该叫Distortion Energy吗？或者叫Deformation Energy？

叫哪个都可以

sobereva 发表于 2023-10-10 21:31
等于
这一般叫结合能

sob老师，这个形变能应该叫Distortion Energy吗？或者叫Deformation Energy？

typ_gauss 发表于 2025-7-14 14:23
ALMO-EDA中distortion energy+Pauli repulsion认为是位阻效应。请问在sobEDA和sobEDAw中，交换-互斥项ΔE_x ...

可

ALMO-EDA中distortion energy+Pauli repulsion认为是位阻效应。请问在sobEDA和sobEDAw中，交换-互斥项ΔE_xrep+变形能可以认为是位阻效应吗？

慢醇似梦 发表于 2025-7-1 16:57
sob老师你好，请问sobEDA和sobEDAW可以进行铀酰配合物的能量分解计算吗？我看的相关文献都是使用ADF在PBE/T ...

sobEDA和sobEDAw可以用。如果片段划分截断化学键，只能用前者

sob老师你好，请问sobEDA和sobEDAW可以进行铀酰配合物的能量分解计算吗？我看的相关文献都是使用ADF在PBE/TZP/ZORA理论水配上进行能量分解的，但全网关于ADF的使用及讨论很少，并且学校未购买ADF，请问若sobEDA和sobEDAW不支持，可以用ORCA进行替代计算吗？

peter123 发表于 2025-6-26 16:18
想请教一下老师，我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼（不带电）和阴离子体系的弱相互作用（C-H.. ...

.err文件里可见
/share/home/lics/chenyiz/sobEDA-cageallylchloCl-2/sobEDA.sh: line 32: dos2unix: command not found
/share/home/lics/chenyiz/sobEDA-cageallylchloCl-2/sobEDA.sh: line 105: bc: command not found
/share/home/lics/chenyiz/sobEDA-cageallylchloCl-2/sobEDA.sh: line 112: bc: command not found
...

明显dos2unix没装、bc命令用不了
认真阅读下文，该说的都说了
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

想请教一下老师，我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼（不带电）和阴离子体系的弱相互作用（C-H...X氢键）分析。体系的示意图如图1显示。

我目前使用您的sobEDA对我的弱相互作用体系进行能量分解分析，刚开始几次因为我的内存及其他设置的问题始终没有正常算完。这一次正常算完了，但是算出来的结果却显示相互作用能全部等于0.我也找不出问题，我请师兄帮我看了一下，他因为没用过也不太清楚，但是他看了输出文件以后说高斯计算应该没问题，应该是后续数据抓取的时候出问题了，因此我想请您帮我看一下

相关的输入输出文件我已经上传到论坛了，输出文件里面，sobEDA.out,sobEDA.err,屏幕上的输出（1.out）,final.out我都上传了，final.chk文件因为很大，有500多MB，因此我就先不上传

给本文FAQ部分增加了一段

(10)为什么sobEDA.sh给出的相互作用能和我手动用整体能量减去各片段能量得到的结果不同？
原理上，只要计算得当、有可比性，sobEDA.sh脚本给出的相互作用能和手动计算的相互作用能应当严格相同。若发现不同，可能有以下原因
(1)计算级别、色散校正、几何结构、溶剂效应的考虑、积分格点精度等影响电子能量的因素不精确相同
(2)counterpoise的使用有差异
(3)数据读错了
(4)自己的计算或sobEDA.sh涉及的计算没有收敛到相同的波函数。自己手动计算片段和整体的能量的时候都可以通过Gaussian的stable关键词做波函数稳定性测试以及用stable=opt优化稳定的波函数，从而确保得到的片段和整体的能量对应稳定的波函数，因此手动计算相互作用能完全由可控性。若想让sobEDA.sh计算的总相互作用能能和自己手动计算的相互作用能严格对应上，考虑以下两点：
• 确保sobEDA.sh计算各个片段时收敛到和你手动计算片段时相同的波函数。将sobEDA.sh产生的fragment[序号].out里的能量和自己计算片段时得到的能量相对比，看是否一致可检验。若发现不一致，可以按上面提到的sobEDA官方教程里的第6节，让sobEDA.sh计算片段时读取你做片段计算产生的chk文件里的收敛的波函数当初猜。
• 确保sobEDA.sh做最终整体计算时收敛到了和你手动计算整体时相同的波函数。将sobEDA.sh产生的final.out里的能量和自己计算整体时得到的能量相对比，看是否一致，若发现不一致，说明sobEDA.sh基于片段组合波函数（promol.chk里的波函数）作为初猜没收敛到和你手动计算整体时相同的波函数。对于这种情况，可以把你自己算的整体能量与final.out中SCF过程第一次给出的能量（冻结态能量）相减作为ΔE_orb项，而其它sobEDA的能量项保持不变。

18217265596 发表于 2025-5-6 12:39
老师 我看了bash脚本中的部分
是专门针对gaussian的输出写的
原理上是不是能对orca的输出作类似的处理 来 ...

ORCA目前缺乏sobEDA需要的Gaussian才具有的一些设计（至少是对普通用户不可见）

LED给出的能量项的物理意义在我来看不是很清楚

老师 我看了bash脚本中的部分
是专门针对gaussian的输出写的
原理上是不是能对orca的输出作类似的处理 来做sobedaw能量分解？
orca原生的LED方法要求dlpno CCSD(T)方法 对大体系不友好
学生有g16版权 能用g16做计算，出于原理好奇问这个问题

ffcc 发表于 2025-4-27 09:42
sob老师，请问此方法是否可以用于一个分子上两个片段间的相互作用？

得恰当修改分子，饱和边缘、删除有严重位阻的原子，当成双分子对待

sob老师，请问此方法是否可以用于一个分子上两个片段间的相互作用？