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计算模拟轨迹中水的方位四面体序参数Orientational Tetrahedral Order的脚本

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对抗路达摩

发布时间: 2023-9-2 21:00

正文摘要:

水的四面体序参数（Orientational Tetrahedral Order）是一种用来表征水的结构特征的参数，其定义如图所示: 代码的缺陷：在这个代码中我们没有考虑periodic boundary conditions（PBC），在我们的show case ...

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chieko 发表于 Post on 7 day ago

本帖最后由 chieko 于 2024-11-16 16:53 编辑

按照原文描述（https://doi.org/10.1038/35053024），这个参数q应该介于0到1之间呀，会不会哪里有什么问题

——————————————————————————————
刚搞明白，是<q>应该在0到1之间

对抗路达摩 发表于 Post on 2024-1-2 12:09:42

王五发表于 2023-12-28 14:51
作者您好，我看MDAnalysis官网里说，选择原子方式“prop”是默认考虑周期性边界的，这样是不是就不需要修改 ...

很有可能！
可以找一个是否正确考虑PBC有影响的例子，然后测试一下periodic=True和False的结果有没有区别

王五 发表于 Post on 2023-12-28 14:51:23

作者您好，我看MDAnalysis官网里说，选择原子方式“prop”是默认考虑周期性边界的，这样是不是就不需要修改您所提到的两块内容，如果是其他要考虑周期性边界的选择方式的话，是不是将periodic=True设置在select_atoms就可以了，好像也不用修改角度和水分子选择的代码？

Lacrimosa 发表于 Post on 2023-9-3 17:28:07

本帖最后由 Lacrimosa 于 2023-9-3 17:32 编辑

目前好像确实没什么现成的程序能算这个，大多都是自己写程序分析

对抗路达摩 发表于 Post on 2023-9-3 00:19:53

牧生发表于 2023-9-2 21:26
【水分子F3/F4序参数计算编程-哔哩哔哩】 https://b23.tv/3v8sGTW

看一下这个视频呢

“序参数”有很多种，这里的F3F4和我这里用的OPO形式不一样，描述的事情也有区别。本质上可以看做一个映射，是高维的多体空间坐标投影到一维坐标轴上；这样的映射有很多种，每种的值有不同的含义。对一个序参数来说，比较重要的就是这个值能不能比较好地来反应水的结构，在水的不同结构下有明显的特征取值。

牧生 发表于 Post on 2023-9-2 21:26:28

【水分子F3/F4序参数计算编程-哔哩哔哩】 https://b23.tv/3v8sGTW

看一下这个视频呢

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