sobereva 发表于 2023-9-8 14:41
尝试PR压浴1fs步长跑一阵子之后，切换成2fs续跑，应该能续跑成功

好的，谢谢sob老师

藤井树 发表于 2023-9-8 08:43
sob老师您好，感谢您的回复，您辛苦了！
1.每一步的续跑我都是用的前一步的 gro 文件的，我检查过确实都 ...

尝试PR压浴1fs步长跑一阵子之后，切换成2fs续跑，应该能续跑成功

sobereva 发表于 2023-9-8 01:41
记得续跑时必须延续之前最终状态的速度信息

也可以尝试用gmx 2021开始支持的stochastic cell rescaling ...

sob老师您好，感谢您的回复，您辛苦了！
1.每一步的续跑我都是用的前一步的 gro 文件的，我检查过确实都是含有速度信息。所使用的命令行如下：
gmx_mpi grompp -f em.mdp -c complex.gro -p topol.top -o em.tpr
ifmcgmx em 4
qsub em.sge
2.老师抱歉，由于使用的是学校的计算平台，服务器上只有 gromacs2018.4，自己本身不太懂 Linux 语法，因此可能无法实现。（感谢您的建议）
ps：老师，我昨天又查询了一些资料/帖子，在我将最终的 md 过程 dt 改为 1fs 之后，昨晚模拟顺利完成，目前流程为：
em(steep) -em(cg) -nvt(300ps) -npt(10ns) -nvt2(5ns) -md(50ns)
其中预平衡以 2fs，V-rescale 恒温，berendsen 恒压；成品模拟用 1fs，V-rescale 恒温，P-R 恒压。

老师我想问的是，由于我需保持多个体系（仅更换其中的主体分子）模拟条件相同，是否有什么更简洁的模拟过程，或是更可靠的模拟过程？

记得续跑时必须延续之前最终状态的速度信息

也可以尝试用gmx 2021开始支持的stochastic cell rescaling压浴