在分子动力学计算中如何将vdW能量分类计算？

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发布时间: 2023-9-7 08:36

有的文献在SMD计算中将水合蛋白的vdW随时间的变化分为蛋白质--蛋白质作用/蛋白质--水分子作用两部分讨论（如下图），计算中是如何实现的？请教各位。谢谢！

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huhq 发表于 Post on 2023-9-8 09:27:38

多谢sob老师提醒。

sobereva 发表于 Post on 2023-9-8 00:58:05

NAMD我不清楚。GROMACS的话可以自己定义能量组，把不同组之间的范德华作用能随时间变化得到。

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