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lammps复现PC热解运行报错--求帮助

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evenn

发布时间: 2023-9-8 09:39

正文摘要:

大家好，我最近在根据文章复现PC热解，原文章使用ADF，我用MS+LAMMPS。文章先给单链建了周期性立方盒子，用NPT系综优化了10ps，由于在MS中我没法建立出和文章一样大小的AC盒子，只能修改x,y的大小或者修改z的大小， ...

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lmch 发表于 Post on 2023-9-11 21:39:13

你并没有提供in.PCN 这个文件

evenn 发表于 Post on 2023-9-10 10:11:05

lmch 发表于 2023-9-9 00:07
简单测跑了一下，至in.PC 10000步，你这里的错误没有发现，推测是之前的缓存没保存覆写导致的。
不过dump ...

谢谢回答。
我是in.PC运行即报错，之前缓存没保存覆写这个要怎么说呢？我这里in.PCN和in.PC不在同一个文件夹，in.PC只用到了运行in.PCN得到的PC.data文件，我在in.PC文件夹放的也只有in文件，势函数文件，控制文件和data文件，这样会产生什么缓存呢？
dump atom和custom我都试过，报错结果都一样的..
我在在帖子中可能没讲清楚，这是两次运行，第一张图显示18核，是一开始我把in.PCN和in.PC写在一起写了一个in文件然后运行的，结果就是只跑了前面的10w步，后面的70w步还没开始就显示报错了；于是我分成两个in文件in.PCN和in.PC，放在两个文件夹，然后in.PCN的10w步成功运行结束之后写出的data文件，放在in.PC文件夹了，用24核运行的，70w步依旧是刚运行就报错；
那我试试AC盒子直接在MS里面优化；
会不会是fix命令有问题呢？？

wildon 发表于 Post on 2023-9-10 09:55:55

evenn 发表于 2023-9-10 09:13
谢谢回答！是的，是用的ReaxFF，之前有试过vesta，不知道如何给模型加盒子，加之之前知道可以用vmd查看盒 ...

加盒子可以用packmol试试

evenn 发表于 Post on 2023-9-10 09:13:42

wildon 发表于 2023-9-8 22:18
用的是ReaxFF吗，如果是的话有更简单的建模方法，MS-VESTA-OVITO，即可导出需要的data文件

谢谢回答！是的，是用的ReaxFF，之前有试过vesta，不知道如何给模型加盒子，加之之前知道可以用vmd查看盒子，就直接MS－VMD导出data文件了。在这里还有个小小的疑问，在vmd可以直接加完盒子然后导出charge类型的data文件，但我看之前有教程还用到vesta打开MS导出的cif文件，再保存为xyz文件，再用vmd打开xyz文件，设置盒子，再转换成data文件呢？难道直接用vmd打开MS的文件会有不准确的地方吗？

（我对这几个软件了解都不太多．．只有转换data文件的时候用一下子，可能理解有许多不足）

lmch 发表于 Post on 2023-9-9 00:07:26

简单测跑了一下，至in.PC 10000步，你这里的错误没有发现，推测是之前的缓存没保存覆写导致的。
不过dump那里atom会报错，改成custom就好了

你这很奇怪的地方是，你用24c 并行，结果log显示18c并行，你有多少物理核心？

AC建模，不必追求一模一样的盒子，聚合物就这样，尺寸近似跑NPT或者限制方向的NPT就好了

wildon 发表于 Post on 2023-9-8 22:18:12

用的是ReaxFF吗，如果是的话有更简单的建模方法，MS-VESTA-OVITO，即可导出需要的data文件

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