（问题已解决）gromacs报错原子不属于控温组

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发布时间: 2023-9-9 22:11

本帖最后由 wangs 于 2023-9-10 11:06 编辑请问各位老师，我的体系在蒙脱土在kcl盐溶液中的模拟，其中蒙脱土中的铝和镁原子被固定住，并设置了冻结组，在npt的gmx grompp过程中，出现如下报错

回复 Reply

wangs 发表于 Post on 2023-9-12 19:27:17

Markmahao 发表于 2023-9-11 12:06
有一种可能是你更改过体系的原子数没有更新mmt.ndx，导致里面标的原子或组名字和你top、mdp文件里面的不 ...

您好，是这样的，索引文件没有更新，所以才出现的报错，问题已经解决了，感谢您的回答

Markmahao 发表于 Post on 2023-9-11 12:06:39

wangs 发表于 2023-9-10 08:39
好的老师，命令行为gmx grompp -f npt.mdp -c em.gro -p topo.top -o npt.tpr -n mmt.ndx -maxwarn 1,其 ...

有一种可能是你更改过体系的原子数没有更新mmt.ndx，导致里面标的原子或组名字和你top、mdp文件里面的不一致导致的

wangs 发表于 Post on 2023-9-10 08:39:13

sobereva 发表于 2023-9-9 22:24
贴出来grompp的完整命令行

好的老师，命令行为gmx grompp -f npt.mdp -c em.gro -p topo.top -o npt.tpr -n mmt.ndx -maxwarn 1,其中索引文件为蒙脱土中的铝和镁原子，为冻结组

sobereva 发表于 Post on 2023-9-9 22:24:08

贴出来grompp的完整命令行

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