直接从晶体结构中提取两个相邻的分子就行了。如果分子结构不完整、被晶胞边缘截断，用下文介绍的功能令分子变得完整
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

既然你考察的是特定晶型的情况，非氢原子就不应当再优化。由于X光衍射测的氢原子位置一般不准确，因此应当先优化氢原子，再做电子激发计算
参考
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569


不知道你研究吸附H2O对应现实当中什么情况，没法回答你。如果就是个跟晶体状态无关的孤立状态的二聚体吸附H2O，用genmer+molclus做构型搜索找到能量最低结合方式
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html